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Human mutation2015Apr01Vol.36issue(4)

Treat-NMD DMDグローバルデータベース:7,000を超えるDuchenne筋ジストロフィー変異の分析

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文献タイプ:
  • Journal Article
  • Research Support, Non-U.S. Gov't
概要
Abstract

Duchenne筋ジストロフィー(DMD)を引き起こす患者固有の変異の種類と頻度を分析することは、診断、基本科学研究、試験計画、および臨床ケアの改善のための貴重なツールです。遺伝子座固有のデータベースにより、疾患の遺伝的変異の収集、組織、保管、および分析が可能になります。ここでは、Treat-NMD DMDグローバルデータベース(http://umd.be/treat_dmd/)の開発と分析について説明します。データベース内に保持されている7,149のDMD変異の遺伝データを分析しました。合計5,682の大きな突然変異が観察され(総突然変異の80%)、そのうち4,894(86%)が削除(1エクソン以上)、784(14%)が重複(1エクソン以上)でした。1,445の小さな変異(1エクソンよりも小さい、すべての突然変異の20%)があり、そのうち358(25%)は小さな欠失と132(9%)の小さな挿入、199(14%)がスプライス部位に影響を与えました。ポイント変異は合計で756(小さな変異の52%)で、726(50%)ナンセンス変異と30(2%)ミスセンス変異を伴いました。最後に、22(0.3%)の中intronic変異が観察されました。さらに、データベース内で、停止コドン読み取りスルー療法(総突然変異の10%)やエクソンスキップ療法(欠失の80%と総変異の55%)を含むDMDの新しい遺伝子療法の恩恵を受ける可能性のあるデータベース内で変異が特定されました。

Duchenne筋ジストロフィー(DMD)を引き起こす患者固有の変異の種類と頻度を分析することは、診断、基本科学研究、試験計画、および臨床ケアの改善のための貴重なツールです。遺伝子座固有のデータベースにより、疾患の遺伝的変異の収集、組織、保管、および分析が可能になります。ここでは、Treat-NMD DMDグローバルデータベース(http://umd.be/treat_dmd/)の開発と分析について説明します。データベース内に保持されている7,149のDMD変異の遺伝データを分析しました。合計5,682の大きな突然変異が観察され(総突然変異の80%)、そのうち4,894(86%)が削除(1エクソン以上)、784(14%)が重複(1エクソン以上)でした。1,445の小さな変異(1エクソンよりも小さい、すべての突然変異の20%)があり、そのうち358(25%)は小さな欠失と132(9%)の小さな挿入、199(14%)がスプライス部位に影響を与えました。ポイント変異は合計で756(小さな変異の52%)で、726(50%)ナンセンス変異と30(2%)ミスセンス変異を伴いました。最後に、22(0.3%)の中intronic変異が観察されました。さらに、データベース内で、停止コドン読み取りスルー療法(総突然変異の10%)やエクソンスキップ療法(欠失の80%と総変異の55%)を含むDMDの新しい遺伝子療法の恩恵を受ける可能性のあるデータベース内で変異が特定されました。

Analyzing the type and frequency of patient-specific mutations that give rise to Duchenne muscular dystrophy (DMD) is an invaluable tool for diagnostics, basic scientific research, trial planning, and improved clinical care. Locus-specific databases allow for the collection, organization, storage, and analysis of genetic variants of disease. Here, we describe the development and analysis of the TREAT-NMD DMD Global database (http://umd.be/TREAT_DMD/). We analyzed genetic data for 7,149 DMD mutations held within the database. A total of 5,682 large mutations were observed (80% of total mutations), of which 4,894 (86%) were deletions (1 exon or larger) and 784 (14%) were duplications (1 exon or larger). There were 1,445 small mutations (smaller than 1 exon, 20% of all mutations), of which 358 (25%) were small deletions and 132 (9%) small insertions and 199 (14%) affected the splice sites. Point mutations totalled 756 (52% of small mutations) with 726 (50%) nonsense mutations and 30 (2%) missense mutations. Finally, 22 (0.3%) mid-intronic mutations were observed. In addition, mutations were identified within the database that would potentially benefit from novel genetic therapies for DMD including stop codon read-through therapies (10% of total mutations) and exon skipping therapy (80% of deletions and 55% of total mutations).

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