SMARCB1/INI1欠損洞癌は、Rassf1遺伝子のメチル化を示しています：最近記載されたエンティティの臨床病理学的、免疫組織化学的および分子遺伝的研究

この研究の目的は、次世代シーケンス（NGS）およびメチル化特異的な多重ライゲーションのメチル化メチル化特異的な多重ライゲーションによる選択されたプロトゥーネーゲンおよび腫瘍抑制遺伝子の変異状態およびDNAメチル化の分子遺伝学的分析を含む、SMARCB1/INI1欠損シノサル癌の詳細な臨床病理学的調査でした。 - 依存性プローブ増幅（MS-MLPA）。免疫組織化学スクリーニングを使用して、19年間にわたって診断された56のシノサル癌の間で、SMARCB1/INI1欠損癌の合計4/56（7％）症例が検出されました。このシリーズは、27〜76歳（中央値64歳）の3人の男性と1人の女性で構成されていました。すべての腫瘍が鼻腔で発生しました。3つの新生物が進行期のPT4で診断されました。追跡期間（範囲14〜11か月（中央値72か月））に、3つの腫瘍が局所的に再発しましたが、局所または遠隔転移を発症した患者はいませんでした。最終的に、腫瘍のために2人の患者が死亡しました。顕微鏡的には、すべての腫瘍は、好酸球性細胞質を持つラブドイド細胞のさまざまな成分を持つ多角形のバサロイド細胞の浸潤巣で構成されていました。免疫組織化学的には、すべての場合にサイトケラチン（CK）、P16、p40、およびp63のほぼ拡散発現があり、CK5/6、CK7、ビメンチンの発現は焦点または存在しないだけでした。NUTの検出は否定的な結果をもたらしました。3つのケースでは、SMARCB1/INI1発現がないことは、SMARCB1/INI1遺伝子の欠失によるものでした。SMARCB1/INI1遺伝子のメチル化は見つかりませんでした。1つの腫瘍がHPV18 E6/E7 mRNAを抱いていました。NGを使用した変異についてテストされた12の遺伝子（BRAF、BRCA1、BRCA2、KIT、KIT、EGFR、KRAS、NRAS、PDGFRA、PIK3CA、PTEN、RET、およびROS1）は野生型でした。DNAメチル化に関して、4つのSMARCB1/INI1欠損腫瘍すべてが、MS-MLPAを使用してRassf1遺伝子のメチル化を示しました。SMARCB1/INI1欠損とSMARCB1/INI1陽性腫瘍の間にRassF1遺伝子メチル化に統計的に有意な差がありました（P = 0.0095）。他のすべての検査遺伝子（ATM、BRCA1、BRCA2、CADM1、CASP8、CD44、CDKN1B、CDKN2A、CDKN2B、CHFR、DAPK1、ESR1、FHIT、GSTP1、HIC1、KLLN、MLH1A、MLH1B、RARB、およびVLH）。要約すると、これらの腫瘍が攻撃的な行動を持つ明確なエンティティと見なすことができることを示す詳細な臨床病理学的データを備えたSMARCB1/INI1欠損洞癌の4つの症例について説明しました。初めて、SMARCB1/INI1欠損シノサル癌のDNAメチル化の分析を実施し、この新生物におけるRassf1遺伝子の有意に高いメチル化を報告しました。

The aim of the study was detailed clinicopathological investigation of SMARCB1/INI1-deficient sinonasal carcinomas, including molecular genetic analysis of mutational status and DNA methylation of selected protooncogenes and tumor suppressor genes by means of next generation sequencing (NGS) and methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA). A total of 4/56 (7%) cases of SMARCB1/INI1-deficient carcinomas were detected among 56 sinonasal carcinomas diagnosed over a 19year period using immunohistochemical screening. The series comprised 3 males and 1 female, aged 27-76 years (median 64 years). All tumors arose in the nasal cavity. Three neoplasms were diagnosed in advanced stage pT4. During the follow-up period (range 14-111 months (median 72 months)), three tumors recurred locally, but none of the patients developed regional or distant metastases. Ultimately, two patients died due to the tumor. Microscopically, all tumors consisted of infiltrating nests of polygonal basaloid cells with a variable component of rhabdoid cells with eosinophilic cytoplasm. Immunohistochemically, there was almost diffuse expression of cytokeratins (CK), p16, p40 and p63 in all cases, while expression of CK5/6, CK7 and vimentin was only focal or absent. The detection of NUT gave negative results. In three cases, the absence of SMARCB1/INI1 expression was due to deletion of SMARCB1/INI1 gene. Methylation of SMARCB1/INI1 gene was not found. One tumor harbored HPV18 E6/E7 mRNA. All 12 genes (BRAF, BRCA1, BRCA2, KIT, EGFR, KRAS, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RET, and ROS1) tested for mutations using NGS were wild-type. Regarding DNA methylation, all four SMARCB1/INI1-deficient tumors showed methylation of RASSF1 gene by means of MS-MLPA. There was a statistically significant difference in RASSF1 gene methylation between SMARCB1/INI1-deficient and SMARCB1/INI1-positive tumors (p=0.0095). All other examined genes (ATM, BRCA1, BRCA2, CADM1, CASP8, CD44, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CHFR, DAPK1, ESR1, FHIT, GSTP1, HIC1, KLLN, MLH1a, MLH1b, RARB, and VLH) were unmethylated. In summary, we described four cases of SMARCB1/INI1-deficient sinonasal carcinoma with detailed clinicopathological data indicating that these tumors can be regarded as a distinct entity with aggressive behaviour. For the first time, we performed analysis of DNA methylation in SMARCB1/INI1-deficient sinonasal carcinomas, reporting on significantly higher methylation of RASSF1 gene in this neoplasm.