フーグとヒトゲノムの間の保存されたシンテニーの領域内の広範な遺伝子秩序の違い：染色体の進化と疾患遺伝子のクローニングへの影響

比較位置クローニングを使用して候補のヒト疾患遺伝子の同定を促進するFUGUゲノムの適合性は、2つの種間でシンテニーと遺伝子の秩序が保存される程度に依存します。Fuguゲノムの2つの領域のSurait genesに密接に関連している7つのFugu遺伝子をクローン化し、Genebridge 4放射ハイブリッドパネルのPCR分析とそのin situハイブリダイゼーションの蛍光の両方でヒトのホモログをマッピングおよび順序付けました。7つのヒト遺伝子はすべて、ヒトの過剰遺伝子に近い約2〜4 MBの染色体帯域9Q34.1の3 MB領域にマッピングされています。両方のフーグ領域はヒト染色体帯域9q34とのシンテニックですが、遺伝子の相対順序は2つの種で大きく異なります。実際、FUGUゲノムに隣接する遺伝子のいくつかは、ヒトゲノムで少なくとも2〜4 MBで分離されています。これは、染色体内の再編成、おそらく反転は、フーグと人間を分離する9億年の発散進化の間に一般的であることを示唆しています。これらの結果に照らして、比較位置クローニングによるヒト疾患遺伝子の同定を促進するFUGUの有用性が疑問視されています。

The suitability of the Fugu genome to facilitate the identification of candidate human disease genes using comparative positional cloning is dependent upon the extent to which synteny and gene order are conserved between the two species. We have cloned seven Fugu genes which are closely linked to Surfeit genes in two regions of the Fugu genome and have mapped and ordered their human homologues both by PCR analysis of the Genebridge 4 panel of radiation hybrids and by fluorescence in situ hybridization. All seven human genes map to a 3 Mb region of chromosome band 9q34.1, approximately 2-4 Mb proximal to the human Surfeit genes. Although both Fugu regions are syntenic with human chromosome band 9q34, the relative order of the genes differs greatly in the two species. Indeed, some of the genes that are adjacent in the Fugu genome are separated by at least 2-4 Mb in the human genome. This suggests that intra-chromosomal rearrangements, most probably inversions, have been common during the 900 million years of divergent evolution separating Fugu and human. The utility of Fugu to facilitate human disease gene identification by comparative positional cloning is questioned in light of these results.