プラスストランドプライマーのすぐ上流のシーケンスは、Saccharomyces cerevisiae ty1レトロトランスポゾンのプラス鎖DNA合成に不可欠です。

プラス鎖DNAのプライミングは、レトロウイルスとレトロトランスポゾンの逆転写における重要なステップです。すべてのレトロエレメントは、プリンプラス鎖DNA合成に、プリンが豊富なシーケンス（ポリプリン路またはPPT）にまたがるRNase H耐性オリゴリボヌクレオチドを使用します。酵母Saccharomyces cerevisiae ty1-H3レトロトランスポゾンのプラス鎖DNA合成は、PPT1とPPT2の2つの部位で開始され、3'long端子反復の上流の境界にあり、インテグレースコーディング領域のポール遺伝子の中央近くにあります。。2つのプラス鎖プライマーには、同じプリンが豊富なシーケンスGGGTGGTAがあります。インテグラゼコーディング領域のPPT2の上流に位置する2つの同一のシーケンスは、プラス鎖DNA合成のプライマーとして効率的に使用されていないため、この配列はプラス鎖の起源を生成するのにそれ自体では十分ではありません。したがって、他の要因は、特定のプラス鎖DNAプライマーの形成に関与する必要があります。ここでは、高度に保存されているTリッチ領域のPPTの上流の突然変異が、TY1のプラス鎖DNAプライミングを大幅に変化させることを示しています。我々の結果は、プラス鎖DNA合成の開始のためのPPTの上流の配列または構造要素の重要性を示しています。

Priming of plus-strand DNA is a critical step in reverse transcription of retroviruses and retrotransposons. All retroelements use an RNase H-resistant oligoribonucleotide spanning a purine-rich sequence (the polypurine tract or PPT) to prime plus-strand DNA synthesis. Plus-strand DNA synthesis of the yeast Saccharomyces cerevisiae Ty1-H3 retrotransposon is initiated at two sites, PPT1 and PPT2, located at the upstream boundary of the 3'-long terminal repeat and near the middle of the pol gene in the integrase coding region. The two plus-strand primers have the same purine-rich sequence GGGTGGTA. This sequence is not sufficient by itself to generate a plus-strand origin since two identical sequences located upstream of PPT2 in the integrase coding region are not used efficiently as primers for plus-strand DNA synthesis. Thus, other factors must be involved in the formation of a specific plus-strand DNA primer. We show here that mutations upstream of the PPT in a highly conserved T-rich region severely alters plus-strand DNA priming of Ty1. Our results demonstrate the importance of sequences or structural elements upstream of the PPT for initiation of plus-strand DNA synthesis.