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Proteins2000Feb01Vol.38issue(2)

小さなプロテオグリカン(ビグリカン、デコリン、ルミカン、フィブロモジュリン、PRELP、ケラトカン、オステオアドヘリン、エピフィカン、オステオグリシン)内のスーパーモチーフとタンデムロイシンリッチリピートの進化

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文献タイプ:
  • Journal Article
  • Research Support, Non-U.S. Gov't
概要
Abstract

単位の長さの20〜30アミノ酸を含むロイシンリッチリピート(LRR)は、原核生物から真核生物までの多くのタンパク質に存在します。LRR含有タンパク質には、9つの小プロテオグリカンのファミリーが含まれ、3つの異なるサブファミリーを形成します。クラスII:ルミカン、フィブロモジュリン、プレップ、角膜、およびオステオアドヘリン。およびクラスIII:エピフィカン/PG-LBおよび骨Glycinまたは骨誘導因子。34の利用可能なタンパク質配列の比較配列分析は、これらのプロテオグリカンが2種類のLRRを持っていることを明らかにしています。これをSとTと呼びます。タイプS LRRは21残基です。タイプT LRRには26の残基があります。そのコンセンサスシーケンスはzzxxxxxxxfxxxxlxxlxlxlxxnxlです。両方の「x」は、可変残基を示します。「Z」はしばしばギャップです。「A」はval、Leu、またはileです。そして、私はileまたはleuです。これらのタイプSおよびTLRRは、クラスIおよびIIおよびSTに約73の残基を持つ2つの超モチーフ - クラスIIIに約47の残基を持つSTTに順序付けられます。IおよびIIの小さなプロテオグリカンの12のLRRは、(STT)4として最もよく表されます。クラスIIIの7つのLRRは(st)t(st)2。私たちの分析は、クラスI/IIおよびIIIが前駆体STの確立後に異なる経路に沿って進化し、クラスIとIIも前駆体(STT)4の確立後に分岐したことを示しています。

単位の長さの20〜30アミノ酸を含むロイシンリッチリピート(LRR)は、原核生物から真核生物までの多くのタンパク質に存在します。LRR含有タンパク質には、9つの小プロテオグリカンのファミリーが含まれ、3つの異なるサブファミリーを形成します。クラスII:ルミカン、フィブロモジュリン、プレップ、角膜、およびオステオアドヘリン。およびクラスIII:エピフィカン/PG-LBおよび骨Glycinまたは骨誘導因子。34の利用可能なタンパク質配列の比較配列分析は、これらのプロテオグリカンが2種類のLRRを持っていることを明らかにしています。これをSとTと呼びます。タイプS LRRは21残基です。タイプT LRRには26の残基があります。そのコンセンサスシーケンスはzzxxxxxxxfxxxxlxxlxlxlxxnxlです。両方の「x」は、可変残基を示します。「Z」はしばしばギャップです。「A」はval、Leu、またはileです。そして、私はileまたはleuです。これらのタイプSおよびTLRRは、クラスIおよびIIおよびSTに約73の残基を持つ2つの超モチーフ - クラスIIIに約47の残基を持つSTTに順序付けられます。IおよびIIの小さなプロテオグリカンの12のLRRは、(STT)4として最もよく表されます。クラスIIIの7つのLRRは(st)t(st)2。私たちの分析は、クラスI/IIおよびIIIが前駆体STの確立後に異なる経路に沿って進化し、クラスIとIIも前駆体(STT)4の確立後に分岐したことを示しています。

Leucine-rich repeats (LRRs) with 20-30 amino acids in unit length are present in many proteins from prokaryotes to eukaryotes. The LRR-containing proteins include a family of nine small proteoglycans, forming three distinct subfamilies: class I contains biglycan/PG-I and decorin/PG-II; class II: lumican, fibromodulin, PRELP, keratocan, and osteoadherin; and class III: epiphycan/PG-Lb and osteoglycin or osteoinductive factor. Comparative sequence analysis of the 34 available protein sequences reveals that these proteoglycans have two types of LRRs, which we call S and T. The type S LRR is 21 residues long and has the consensus sequence of xxaPzxLPxxLxxLxLxxNxI. The type T LRR has 26 residues; its consensus sequence is zzxxaxxxxFxxaxxLxxLxLxxNxL. In both "x" indicates variable residue; "z" is frequently a gap; "a" is Val, Leu, or Ile; and I is Ile or Leu. These type S and TLRRs are ordered into two super-motifs--STT with about 73 residues in classes I and II and ST with about 47 residues in class III. The 12 LRRs in the small proteoglycans of I and II are best represented as (STT)4; the seven LRRs of class III as (ST)T(ST)2. Our analyses indicate that classes I/II and III evolved along different paths after the establishment of the precursor ST, and classes I and II also diverged after the establishment of the precursor (STT)4.

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