ダングリングエンドを持つDNA配列の熱力学的パラメーター

Watson-Crickペアの32の可能性のあるすべての単一ヌクレオチドのぶら下がり端の二重形成への熱力学的寄与が報告されています。ほとんどの場合、ぶら下がっている端は、+0.48（GT（a））から0.96 kcal/mol（）の範囲の自由エネルギーの寄与で安定しています。それに比べて、ワトソンクリックの最近傍の増分は-0の範囲です。58（ta/at）から-2.24（gc/cg）kcal/mol。したがって、場合によっては、ダングリングエンドは、ワトソンクリックA-Tベースペアと同じくらいデュプレックスの安定性に貢献します。DNAプローブ設計に対するこれらの結果の意味について説明します。ダングリングエンドの安定性のシーケンス依存性の分析により、閉鎖ベースペアの性質が安定化を大きく決定することが示されています。ただし、特定のクロージングベースペアでは、アデニンダングリング端は、他のぶら下がっているヌクレオチドと同じくらい常にまたは等しく安定しています。さらに、5 'のぶら下がった端は、3'の対応物と同じくらい安定しています。DNAとRNAダングリングエンドのモチーフとの比較は、5 'ぶらの伸び端を持つDNAモチーフがRNAの対応物よりも等しくまたはそれ以上の安定性に寄与することを示しています。逆に、RNA 3 'ぶら下がっている端は、DNAの対応物よりも等しく、またはそれ以上の安定性に寄与します。このデータセットは、DNA二次構造予測アルゴリズム（DNA MFOLD）（http://mfold2.wustl.edu/mfold/dna/for m1.cgi）およびDNAハイブリダイゼーション予測アルゴリズム（Hythertrade mark）（Hythertrade Mark）（http://mfold2.wustl.edu）に組み込まれています。http://jsl1.chem.wayne.edu/hyther/hythermenu .html）。

The thermodynamic contributions to duplex formation of all 32 possible single-nucleotide dangling ends on a Watson-Crick pair are reported. In most instances, dangling ends are stabilizing with free energy contributions ranging from +0.48 (GT(A)) to-0.96 kcal/mol (). In comparison, Watson-Crick nearest-neighbor increments range from -0. 58 (TA/AT) to -2.24 (GC/CG) kcal/mol. Hence, in some cases, a dangling end contributes as much to duplex stability as a Watson-Crick A-T base pair. The implications of these results for DNA probe design are discussed. Analysis of the sequence dependence of dangling-end stabilities show that the nature of the closing base pair largely determines the stabilization. For a given closing base pair, however, adenine dangling ends are always more or equally as stable as the other dangling nucleotides. Moreover, 5' dangling ends are more or equally as stabilizing as their 3' counterparts. Comparison of DNA with RNA dangling-end motifs shows that DNA motifs with 5' dangling ends contribute to stability equally or more than their RNA counterparts. Conversely, RNA 3' dangling ends contribute to stability equally or more than their DNA counterparts. This data set has been incorporated into a DNA secondary structure prediction algorithm (DNA MFOLD) (http://mfold2.wustl.edu/mfold/dna/for m1.cgi) as well as a DNA hybridization prediction algorithm (HYTHERtrade mark) (http://jsl1.chem.wayne.edu/Hyther/hythermenu .html).