Bind-生体分子相互作用、分子複合体、経路を保存および記述するためのデータ仕様

動機：Proteomicsは、細胞内のすべてのタンパク質、タンパク質ドメイン、タンパク質相互作用を特定して特徴付けるためのハイスループット方法に向けて準備を進めており、最終的にはヒトゲノムプロジェクトよりも記録された生物学的情報を作成します。細胞で発現する各タンパク質は、その機能の過程で、他のさまざまなタンパク質や分子と相互作用できます。この情報をすべての詳細で説明および保存し、データの効率的なクロスプラットフォーム転送を可能にする標準データ仕様が必要です。完全な仕様は、この情報を管理および分析するためのデータベースまたはツールの基礎でなければなりません。 結果：生体分子の相互作用、複合体、経路に関する情報を説明できるASN.1の完全なデータ仕様を定義しました。私たちのグループは、データベースである生体分子インタラクションネットワークデータベース（BIND）でこのデータ仕様を使用しています。相互作用レコードは、2つのオブジェクト間の相互作用に基づいています。オブジェクトは、タンパク質、DNA、RNA、リガンド、分子複合体、または相互作用を含めることができます。相互作用の説明には、細胞の位置、相互作用、保存された配列、分子位置、化学作用、動力学、熱力学、化学状態を観察するために使用される実験的条件が含まれます。分子複合体は、複雑なトポロジーなどの特別な記述情報を含む複合体を形成する2つ以上の相互作用のコレクションとして定義されます。経路は、細胞周期段階などの追加の記述情報を含む、経路を形成する2つ以上の相互作用のコレクションとして定義されます。バインドデータ仕様を反映する人間の読み取り可能なフラットファイル形式の提案のリクエストも、利害関係者向けに入札されます。 可用性：生体分子相互作用、分子複合体、経路データのASN.1データ仕様は、ftp：//bioinfo.mshri.on.ca/pub/bind/spec/bind.asnで入手できます。このドキュメントのインタラクティブなブラウザは、http://bioinfo.mshri.on.ca/bind/asn-browser/のホームページから入手できます。

MOTIVATION: Proteomics is gearing up towards high-throughput methods for identifying and characterizing all of the proteins, protein domains and protein interactions in a cell and will eventually create more recorded biological information than the Human Genome Project. Each protein expressed in a cell can interact with various other proteins and molecules in the course of its function. A standard data specification is required that can describe and store this information in all its detail and allow efficient cross-platform transfer of data. A complete specification must be the basis for any database or tool for managing and analysing this information. RESULTS: We have defined a complete data specification in ASN.1 that can describe information about biomolecular interactions, complexes and pathways. Our group is using this data specification in our database, the Biomolecular Interaction Network Database (BIND). An interaction record is based on the interaction between two objects. An object can be a protein, DNA, RNA, ligand, molecular complex or an interaction. Interaction description encompasses cellular location, experimental conditions used to observe the interaction, conserved sequence, molecular location, chemical action, kinetics, thermodynamics, and chemical state. Molecular complexes are defined as collections of more than two interactions that form a complex, with extra descriptive information such as complex topology. Pathways are defined as collections of more than two interactions that form a pathway, with additional descriptive information such as cell cycle stage. A request for proposal of a human readable flat-file format that mirrors the BIND data specification is also tendered for interested parties. AVAILABILITY: The ASN.1 data specification for biomolecular interaction, molecular complex and pathway data is available at ftp://bioinfo.mshri.on.ca/pub/BIND/Spec/bind.asn. An interactive browser for this document is available through our homepage at http://bioinfo.mshri.on.ca/BIND/asn-browser/.