アミノ酸、ポリアミン、有機物に特有のトランスポーターのアミノ酸/ポリアミン/器官（APC）スーパーファミリー

この論文では、アミノ酸/ポリアミン/器官（APC）スーパーファミリーを含む175の現在配列決定された輸送タンパク質の分析が報告されています。このスーパーファミリーのメンバーは、原核生物特異的、真核生物固有の、または遍在する10の明確な家族に分類されます。これらのタンパク質のほとんどは、12の可能性のある膜貫通スパナー（TMS）を示しますが、これらの2つのファミリのメンバーはこのパターンから逸脱しており、10および14のTMSを示しています。これらのファミリのすべてのメンバーが集計され、その機能特性がレビューされ、系統発生/配列分析がタンパク質の進化的関係を互いに定義します。APCスーパーファミリーには、10人の確立されたファミリーのタンパク質が互いにより大きな程度のシーケンスの相違を示す2つの他の認識されている家族が含まれる可能性があるという証拠が提示されています。これら2つの遠隔関連ファミリーの少なくとも一部のタンパク質メンバーは、11の確立されたTMSを示しています。全体として、APCスーパーファミリーには、おそらく、アミノ酸とその誘導体に対して排他的特異性を示すが、ポリペプチド鎖あたり10、11、12、または14 TMSを持つことができるメンバーを持つ12の家族が含まれています。

In this paper an analysis of 175 currently sequenced transport proteins that comprise the amino acid/polyamine/organocation (APC) superfamily is reported. Members of this superfamily fall into 10 well-defined families that are either prokaryote specific, eukaryote specific or ubiquitous. Most of these proteins exhibit 12 probable transmembrane spanners (TMSs), but members of two of these families deviate from this pattern, exhibiting 10 and 14 TMSs. All members of these families are tabulated, their functional properties are reviewed and phylogenetic/sequence analyses define the evolutionary relationships of the proteins to each other. Evidence is presented that the APC superfamily may include two other currently recognized families that exhibit greater degrees of sequence divergence from APC superfamily members than do the proteins of the 10 established families from each other. At least some of the protein members of these two distantly related families exhibit 11 established TMSs. Altogether, the APC superfamily probably includes 12 currently recognized families with members that exhibit exclusive specificity for amino acids and their derivatives but which can possess 10, 11, 12 or 14 TMSs per polypeptide chain.