細胞障害性ウシウイルス下痢ウイルス（BVDV）分離株のNS2-3ゲノム領域への細胞挿入

非シトパシー（NCP）ウシウイルス性下痢ウイルス（BVDV）と比較すると、一部の細胞病医（CP）BVDVには、NS2-3ゲノム領域に追加の配列が含まれています。これらの挿入の1つは、270ヌクレオチドの長さで宿主起源（CIN）であり、最初にNADL株について説明されました。このタイプの挿入が他のCP BVDVで発生する頻度を確認するために、32 CP BVDVフィールド分離株とBVDV参照CP株インディアナを、NADLでCINを検出したRT-PCRを使用してスクリーニングしました。ほとんどのCPウイルスについて、402bpのRT-PCR産物は、挿入なしでNS2-3遺伝子の存在を示しました。さらに、サイズが約600〜850bpの1つまたは2つのDNAフラグメントは、挿入の存在を示す13 cpウイルスのゲノムから増幅されました。PCR産物のシーケンス、つまり402bp DNAフラグメント（挿入なし）および長いフラグメント（挿入を伴う）により、8つのCP BVDVゲノムのNS2-3コーディング領域の挿入の位置が明らかになりました。すべての挿入は、CINSタイプであることが確認され、以前にNADLゲノムで見られたものと非常によく似た位置に位置していました。それらはウイルスポリペプチドと同じ読み取りフレームにあり、90-140アミノ酸をコードしました。挿入の5インチと3 'の端は、研究されたCP分離株のほとんどで異なっていました。興味深いことに、CP 5569分離株の挿入の5'エンドでの14アミノ酸ストレッチと、CP 5.19516分離株の挿入の3'ENDでの15アミノ酸は、CINSシーケンスと相同ではありませんでした。これらのストレッチの重要な一致は、EMBLおよびSWISSPROTデータベースでは見つかりませんでした。

When compared to noncytopathic (ncp) bovine viral diarrhoea virus (BVDV), some cytopathic (cp) BVDV contain additional sequences in the NS2-3 genomic region. One of these insertions, which is 270 nucleotides long and of host origin (cINS), was first described for strain NADL. To find out how frequently this type of insertion occurs in other cp BVDV, 32 cp BVDV field isolates and the BVDV reference cp strain Indiana were screened using RT-PCR which detected cINS in NADL. For most cp viruses an RT-PCR product of 402bp indicated the presence of NS2-3 genes without insertions. In addition, one or two DNA fragments, around 600-850bp in size, were amplified from the genomes of 13 cp viruses indicating the presence of insertions. Sequencing of the PCR products, i.e. 402bp DNA fragment (with no insertion) and longer fragments (with insertion) revealed the location of the insertions in the NS2-3 coding region of eight cp BVDV genomes. All of the insertions were confirmed to be of the cINS type and were located in a very similar position to that found previously in the NADL genome. They were in the same reading frame as the viral polypeptide and they encoded 90-140 amino acids. The 5' and 3' ends of the insertions were different in most of the cp isolates studied. Interestingly, a 14-amino-acid stretch at the 5'-end of the insertion in the cp 5569 isolate as well as 15 amino acids at the 3'-end of the insertion in the cp 5.19516 isolate were not homologous to the cINS sequence. No significant matches for these stretches were found in the EMBL and Swissprot databases.