Tigrfams：タンパク質の機能的識別のためのタンパク質ファミリー資源

Tigrfamsは、キュレーションされた複数のシーケンスアラインメント、隠されたマルコフモデル、および配列相同性によるタンパク質の自動機能識別をサポートするように設計された関連情報を特徴とするタンパク質ファミリーのコレクションです。「同等」という用語を導入して、最後の共通の祖先以来、機能に関して保存されている一連の相同タンパク質のメンバーを記述します。関連するタンパク質は、可能な限り同等のファミリーにグループ化され、その他の場合は他の階層的に定義された相同性を持つタンパク質ファミリーに分類されます。Tigrfamsには現在、800を超えるタンパク質ファミリが含まれており、www.tigr.org/tigrfamsで検索またはダウンロードできます。達成可能なEquivalogファミリーによる分類は、オーソロジー、スーパーファミリー、ドメイン、またはモチーフによる分類を補完します。大規模なゲノムシーケンスプロジェクトからのタンパク質への特定の機能の自動割り当てに最適な情報を提供します。

TIGRFAMs is a collection of protein families featuring curated multiple sequence alignments, hidden Markov models and associated information designed to support the automated functional identification of proteins by sequence homology. We introduce the term 'equivalog' to describe members of a set of homologous proteins that are conserved with respect to function since their last common ancestor. Related proteins are grouped into equivalog families where possible, and otherwise into protein families with other hierarchically defined homology types. TIGRFAMs currently contains over 800 protein families, available for searching or downloading at www.tigr.org/TIGRFAMs. Classification by equivalog family, where achievable, complements classification by orthology, superfamily, domain or motif. It provides the information best suited for automatic assignment of specific functions to proteins from large-scale genome sequencing projects.