キンクターン：新しいRNA二次構造モチーフ

Haloarcula Marismortuiの大規模なリボソームサブユニットの分析により、キンクターンまたはKターンと呼ばれる共通のRNA構造が明らかになりました。H.Marismortui 23S rRNAの6つのkターンは、R.M.S.D。1.7 AのThermus Thermophilus 16S rRNAの構造には2つのKターンがあり、U4 SnRNAおよびL30E mRNAフラグメントの構造はKターンを形成します。この構造には、RNAヘリックスに急激なターンを引き起こすホスホジエステルバックボーンにキンクがあります。非対称の内部ループは、片側のC-G塩基ペアで挟まれ、もう片方のG-A塩基ペアをせん断され、これら2つのらせんステム間のA-MINOR相互作用があります。Kターンの派生コンセンサス二次構造には、15のうち10コンセンサスヌクレオチドが含まれ、L10 mRNAの5'-UTR、Escherichia coli 23S rRNAおよびヒトRNase MRPのヘリックス78にその存在を予測します。23S RRNAの5つのkターンは、9つのタンパク質と相互作用します。観察されたKターンは、無関係な構造のタンパク質と異なる方法で相互作用しますが、同じ方法でL7AEと2つの相同タンパク質と相互作用します。

Analysis of the Haloarcula marismortui large ribosomal subunit has revealed a common RNA structure that we call the kink-turn, or K-turn. The six K-turns in H.marismortui 23S rRNA superimpose with an r.m.s.d. of 1.7 A. There are two K-turns in the structure of Thermus thermophilus 16S rRNA, and the structures of U4 snRNA and L30e mRNA fragments form K-turns. The structure has a kink in the phosphodiester backbone that causes a sharp turn in the RNA helix. Its asymmetric internal loop is flanked by C-G base pairs on one side and sheared G-A base pairs on the other, with an A-minor interaction between these two helical stems. A derived consensus secondary structure for the K-turn includes 10 consensus nucleotides out of 15, and predicts its presence in the 5'-UTR of L10 mRNA, helix 78 in Escherichia coli 23S rRNA and human RNase MRP. Five K-turns in 23S rRNA interact with nine proteins. While the observed K-turns interact with proteins of unrelated structures in different ways, they interact with L7Ae and two homologous proteins in the same way.