ジフルオロメチルコバラミン：新しい枝を持つ古い木の構造的側面

CHF（2）を伴うビタミンB（12）の類似体であるディフルオロメチルコバラミン（CF（2）CBL）は、アココバラミンとCHCLF（2）からの2段階の手順で合成できます。その結晶構造は、X線回折によって決定されています。化合物は、フォーミュラユニットごとにz = 4および17の水分子を備えた斜方骨宇宙グループP2（1）2（1）2（1）で結晶化します。単位セルの寸法はa = 24.08（1）Å、b = 21.143（3）Å、およびc = 15.981（3）Åです。洗練モデルは、拘束なしで可能な限り単純に保たれ、CO、P、およびFを除くすべての非水素原子の等方性変位パラメーターを使用しました。この方法で得られた一致因子は次のとおりです。CF（2）CBLの梱包モチーフは、コバラミンの歪んだ六角形の包装であるウェットビタミンB（12）について説明したものと非常に似ており、x =（1）/（4）、y = 0、およびx =（3）/（4）、x =（1）/（4）、y = 0、およびx =（1）/（1）/（1）で結晶C軸に平行に走る水チャネルが走行します。水分子とアミド基を含む相互作用の分析により、酸素酸素距離（2.8Å未満であることがわかった）と酸素ニトロゲン距離（2.8Åを超えることがわかっている）の間の不連続性が明らかになりました。これは、アミド基の酸素と窒素原子を区別するための有用な基準を提供します。ビタミンB（12）およびCF（2）CBLの結晶構造の重ね合わせは、分子レベルで有意な変化を示しています。CF（2）CBLでは、リングBのC側鎖がCHF（2）グループの近くにその末端アミド基をもたらす立体構造を引き受けます。これにより、CアミドのF2とO39の間の比較的短い接触（3.11Å）と弱いC1F-H1F.O39相互作用の両方がもたらされます。

Difluoromethylcobalamin (CF(2)Cbl), a vitamin B(12) analogue with CHF(2) replacing CN, can be synthesized in a two-step procedure from aquocobalamin and CHClF(2). Its crystal structure has been determined by X-ray diffraction. The compound crystallizes in the orthorhombic space group P2(1)2(1)2(1) with Z = 4 and 17 water molecules per formula unit. The unit cell dimensions are a = 24.08(1) Å, b = 21.143(3) Å, and c = 15.981(3) Å. The refinement model was kept as simple as possible with no restraints, and with isotropic displacement parameters for all non-hydrogen atoms except for Co, P, and F. The agreement factors obtained this way are: R(1) = 0.072 for 5675 reflections with F(o) > 4 sigma(F(o)) and wR(2) = 0.194 for all 11844 reflections. The packing motif of CF(2)Cbl is very similar to that described for wet vitamin B(12), a distorted hexagonal close packing of the cobalamin, with channels of water running parallel to the crystallographic c axis through the crystal at x = (1)/(4), y = 0, and x = (3)/(4), y = (1)/(2), respectively. An analysis of interactions involving water molecules and amide groups revealed a discontinuity between oxygen-oxygen distances (which are found to be less than 2.8 Å) and oxygen-nitrogen distances (which are found to be greater than 2.8 Å); this provides a useful criterion for distinguishing between oxygen and nitrogen atoms in amide groups. A superposition of the crystal structures of vitamin B(12) and CF(2)Cbl shows a significant change at the molecular level. In CF(2)Cbl, the c side chain of ring B takes on a conformation that brings its terminal amide group near to the CHF(2) group. This results in both a relatively short contact (3.11 Å) between F2 and O39 of the c amide and a weak C1F-H1F.O39 interaction.