PlantCare、植物のシス作用規制要素のデータベースと、プロモーターシーケンスのシリコ分析のためのツールへのポータル

PlantCareは、植物のCIS作用規制要素、エンハンサー、リプレッサーのデータベースです。調節要素は、特定のプロモーターシーケンス上の位置マトリックス、コンセンサスシーケンス、および個々のサイトで表されます。EMBL、Transfac、およびMedlineデータベースへのリンクは、利用可能な場合に提供されます。転写部位に関するデータは、主に文献から抽出され、インシリコの予測データの数が増えています。特定の転写因子部位の一般的な説明とは別に、実験的証拠、機能情報、プロモーターの位置の信頼レベルも与えられます。クエリシーケンスで植物のシス作用規制要素を検索するために、新しい機能が実装されています。さらに、リンクが新しいクラスタリングおよびモチーフ検索方法に提供され、共発現遺伝子のクラスターを調査します。新しい規制要素は自動的に送信でき、キュレーション後にデータベースに追加されます。PlantCare Relationalデータベースは、http://sphinx.rug.ac.ac.be:8080/plantcare/のWorld Wide Webから入手できます。

PlantCARE is a database of plant cis-acting regulatory elements, enhancers and repressors. Regulatory elements are represented by positional matrices, consensus sequences and individual sites on particular promoter sequences. Links to the EMBL, TRANSFAC and MEDLINE databases are provided when available. Data about the transcription sites are extracted mainly from the literature, supplemented with an increasing number of in silico predicted data. Apart from a general description for specific transcription factor sites, levels of confidence for the experimental evidence, functional information and the position on the promoter are given as well. New features have been implemented to search for plant cis-acting regulatory elements in a query sequence. Furthermore, links are now provided to a new clustering and motif search method to investigate clusters of co-expressed genes. New regulatory elements can be sent automatically and will be added to the database after curation. The PlantCARE relational database is available via the World Wide Web at http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCARE/.