Trypanosoma bruceiにおける挿入編集に対するRNA配列とベースペアリング効果

RNA編集は、一連の酵素ステップにより、キネトプラスティドミトコンドリアpre-mRNAのウリジル酸（U）を挿入して削除します。Small Guide RNA（GRNA）編集されたシーケンスを指定します。編集は、時には広範囲ですが、正確です。編集部位の前、周囲、および上流のin vitro挿入編集の特異性と効率に対する変異の影響を調べました。Uはピリミジンを誘導するガイドの反対側に同様である可能性がありますが、効率的なライゲーションには、ガイドプリン、特にAが必要でした。編集部位のすぐ上流のmRNAとGRNAの間の塩基対は、挿入編集には必要ありませんでしたが、効率と精度を大幅に向上させました。さらに、編集サイトのGRNA/mRNAデュプレックスは、編集サイトに近いときに挿入編集を強化しましたが、編集サイトにすぐに隣接する場合、編集を防ぎ、編集を防ぎます。したがって、mRNA-gRNA相互作用のいくつかの側面、および追加されたuとのGRNA塩基のペアリングは、編集効率を最適化しますが、挿入編集には必要ありません。

RNA editing inserts and deletes uridylates (U's) in kinetoplastid mitochondrial pre-mRNAs by a series of enzymatic steps. Small guide RNAs (gRNAs) specify the edited sequence. Editing, though sometimes extensive, is precise. The effects of mutating pre-mRNA and gRNA sequences in, around, and upstream of the editing site on the specificity and efficiency of in vitro insertion editing were examined. U's could be added opposite guiding pyrimidines, but guiding purines, particularly A's, were required for efficient ligation. A base pair between mRNA and gRNA immediately upstream of the editing site was not required for insertion editing, although it greatly enhanced its efficiency and accuracy. In addition, a gRNA/mRNA duplex upstream of the editing site enhanced insertion editing when it was close to the editing site, but prevented cleavage, and hence editing, when immediately adjacent to the editing site. Thus, several aspects of mRNA-gRNA interaction, as well as gRNA base pairing with added U's, optimize editing efficiency, although they are not required for insertion editing.