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キュウリモザイクウイルス（CMV）は、三者ゲノムと非常に広い宿主範囲を備えたRNA植物ウイルスです。RNA 3のコートタンパク質（CP）および5 '非翻訳領域（NTR）を使用した以前の進化分析は、ウイルスの3つのグループ、サブグループIA、IB、およびIIへのサブディビジョンを示唆しました。この研究では、ヌクレオチド配列が決定されたCMVの15株をウイルスの完全な系統発生分析に使用しました。異なるRNA上にあるオープンリーディングフレーム（ORF）と推定されたツリーは一致しておらず、CP ORFが示すサブグループを完全にサポートしていなかったため、異なるRNAが独立した進化の歴史があったことを示しています。これは、ウイルスの進化において重要な役割を果たす再考慮メカニズムと一致しています。1Aおよび3A ORFの進化の木はよりコンパクトで、2AおよびCP ORFの樹木よりも多くの分岐を示しました。これは、1Aおよび3A ORFに加えられた、より厳格な宿主対インタラクティブ制約を反映する可能性があります。さらに、すべてのRNAの間で保存されている3 'NTRの分析により、この領域の進化的制約は、ウイルス分離株ではなくRNA成分に固有であることが示されました。これは、複製以外の関数が3 'NTRでエンコードされていることを示しています。再びは、CMV株の間で見られる遺伝的多様性につながり、その巨大な進化の成功に貢献した可能性があります。
キュウリモザイクウイルス（CMV）は、三者ゲノムと非常に広い宿主範囲を備えたRNA植物ウイルスです。RNA 3のコートタンパク質（CP）および5 '非翻訳領域（NTR）を使用した以前の進化分析は、ウイルスの3つのグループ、サブグループIA、IB、およびIIへのサブディビジョンを示唆しました。この研究では、ヌクレオチド配列が決定されたCMVの15株をウイルスの完全な系統発生分析に使用しました。異なるRNA上にあるオープンリーディングフレーム（ORF）と推定されたツリーは一致しておらず、CP ORFが示すサブグループを完全にサポートしていなかったため、異なるRNAが独立した進化の歴史があったことを示しています。これは、ウイルスの進化において重要な役割を果たす再考慮メカニズムと一致しています。1Aおよび3A ORFの進化の木はよりコンパクトで、2AおよびCP ORFの樹木よりも多くの分岐を示しました。これは、1Aおよび3A ORFに加えられた、より厳格な宿主対インタラクティブ制約を反映する可能性があります。さらに、すべてのRNAの間で保存されている3 'NTRの分析により、この領域の進化的制約は、ウイルス分離株ではなくRNA成分に固有であることが示されました。これは、複製以外の関数が3 'NTRでエンコードされていることを示しています。再びは、CMV株の間で見られる遺伝的多様性につながり、その巨大な進化の成功に貢献した可能性があります。
Cucumber mosaic virus (CMV) is an RNA plant virus with a tripartite genome and an extremely broad host range. Previous evolutionary analyses with the coat protein (CP) and 5' nontranslated region (NTR) of RNA 3 suggested subdivision of the virus into three groups, subgroups IA, IB, and II. In this study 15 strains of CMV whose nucleotide sequences have been determined were used for a complete phylogenetic analysis of the virus. The trees estimated for open reading frames (ORFs) located on the different RNAs were not congruent and did not completely support the subgrouping indicated by the CP ORF, indicating that different RNAs had independent evolutionary histories. This is consistent with a reassortment mechanism playing an important role in the evolution of the virus. The evolutionary trees of the 1a and 3a ORFs were more compact and displayed more branching than did those of the 2a and CP ORFs. This may reflect more rigid host-interactive constraints exerted on the 1a and 3a ORFs. In addition, analysis of the 3' NTR that is conserved among all RNAs indicated that evolutionary constraints on this region are specific to the RNA component rather than the virus isolate. This indicates that functions other than replication are encoded in the 3' NTR. Reassortment may have led to the genetic diversity found among CMV strains and contributed to its enormous evolutionary success.
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