アルファ/ベータヒドロラーゼフォールドスーパーファミリーの新しいクラスの識別：N-MYC分化関連タンパク質

アルファ/ベータヒドロラーゼは、主に多様な反応を触媒する酵素で構成される大きなタンパク質スーパーファミリーを構成します。これらのタンパク質は、アルファ/ベータヒドロラーゼの折り目を示します。その本質的な特徴は最近描写されています。少なくとも5つの平行ベータ鎖、特定の順序での触媒トライアド（ヌクレオフィル - 酸化ヒスチジン）、および求核性肘の存在。タンパク質構造の識別が実験的に困難なため、ベイジアン計算アルゴリズム（プローブ）を使用して、遠いシーケンス関係に基づいてこのスーパーファミリーのメンバーを識別しました。このスーパーファミリーのメンバーシップには、基質の結合と折り畳みの安定化に重要な残基を含む5つの配列モチーフの存在が必要であることがわかりました。スーパーファミリーは、細胞分化に関与していると考えられているN-MYCのダウンストリーム調節タンパク質を含む少なくとも909人のメンバーで構成されています。他のほとんどのスーパーファミリーメンバーとは異なり、N-MYC下流の調節タンパク質は、アルファ/ベータヒドロラーゼ折りを持つように提案されておらず、ヒドロラーゼのようには見えません。

The alpha/beta hydrolases constitute a large protein superfamily that mainly consists of enzymes that catalyze a diverse range of reactions. These proteins exhibit the alpha/beta hydrolase fold, the essential features of which have recently been delineated: the presence of at least five parallel beta-strands, a catalytic triad in a specific order (nucleophile-acid-histidine), and a nucleophilic elbow. Because of the difficulties experimentally in identifying protein structures, we have used a Bayesian computational algorithm (PROBE) to identify the members of this superfamily based on distant sequence relationships. We found that the presence of five sequence motifs, which contain residues important for substrate binding and stabilization of the fold, are required for membership in this superfamily. The superfamily consists of at least 909 members, including the N-myc downstream regulated proteins, which are believed to be involved in cell differentiation. Unlike most of the other superfamily members, the N-myc downstream regulated proteins have never been proposed to possess the alpha/beta hydrolase fold and do not appear to be hydrolases.