KHドメインによる配列固有の一本鎖DNA認識の分子基盤：HNRNP K KH3と一本鎖DNAの間の複合体の溶液構造

Kホモロジー（KH）ドメインによる配列固有の一本鎖（SS）DNA認識の基礎を解明するために、転写調節因子不均一核リボ核タンパク質K（HNRNP K）のKH3ドメイン間の複合体の溶液構造を解きました。10mer ssdna。HNRNP K KH3がシーケンス5'D-TCCCのテトラッドを特異的に認識していることを示します。複合体は、3つのイソロイシン残基のメチル基と2つの中心シトシン塩基のO2およびN3原子を含むメチル酸素水素結合の密なネットワークによって安定化されます。kh3およびkh4ドメインを含む特定のタンパク質-SSSDNA複合体の最近解決された構造との比較は、遠い上流要素（ヒューズ）結合タンパク質FBPのkh3ドメインとkh4ドメインを示唆しています。すべてのKHドメインの中で、Tetradの最初の2つの基盤の差別において重要な役割を果たします。

To elucidate the basis of sequence-specific single-stranded (ss) DNA recognition by K homology (KH) domains, we have solved the solution structure of a complex between the KH3 domain of the transcriptional regulator heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K (hnRNP K) and a 10mer ssDNA. We show that hnRNP K KH3 specifically recognizes a tetrad of sequence 5'd-TCCC. The complex is stabilized by a dense network of methyl-oxygen hydrogen bonds involving the methyl groups of three isoleucine residues and the O2 and N3 atoms of the two central cytosine bases. Comparison with the recently solved structure of a specific protein-ssDNA complex involving the KH3 and KH4 domains of the far upstream element (FUSE) binding protein FBP suggests that the amino acid located five residues N-terminal of the invariant GXXG motif, which is characteristic of all KH domains, plays a crucial role in discrimination of the first two bases of the tetrad.