ユビキタスSAR11マリンバクテリオプランクトンクレードの栽培

SAR11および関連するリボソームRNA遺伝子クローンを含むα-プロテオバクテリア系統は、RRNA遺伝子クローンとシーケンスに基づく栽培非依存性アプローチが自然生態系の微生物の多様性を調査するために適用されたときに同定された最初のグループの1つでした。このグループは、海水で同定されており、これらの方法で研究されているほぼすべての遠洋海洋細菌界で発見されたすべてのリボソームRNA遺伝子の26％を占めています。SAR11クレードは、微生物学における広範な問題を表しています。その遍在性にもかかわらず、栽培の努力を無視しています。遺伝的証拠は、多様な耕作されていない微生物分類群がほとんどの自然な生態系を支配していることを示唆しており、これにより、研究のための文化の恩恵なしにこれらの生物の地球化学的活動を解明するための広範な努力が促されています。ここでは、SAR11クレードの代表者の分離を報告します。天然の微生物群集の非常に低い栄養媒体への希釈を介して細胞培養物を分離するためのハイスループット手順によって、18の培養が最初に得られました。これらの文化のうち11は、将来の研究のために正常に通過し、凍結保存されています。これらの細胞の体積、約0.01マイクロM（3）は、それらを培養中の最小の自由生活細胞に配置します。

The alpha-proteobacterial lineage that contains SAR11 and related ribosomal RNA gene clones was among the first groups of organisms to be identified when cultivation-independent approaches based on rRNA gene cloning and sequencing were applied to survey microbial diversity in natural ecosystems. This group accounts for 26% of all ribosomal RNA genes that have been identified in sea water and has been found in nearly every pelagic marine bacterioplankton community studied by these methods. The SAR11 clade represents a pervasive problem in microbiology: despite its ubiquity, it has defied cultivation efforts. Genetic evidence suggests that diverse uncultivated microbial taxa dominate most natural ecosystems, which has prompted widespread efforts to elucidate the geochemical activities of these organisms without the benefit of cultures for study. Here we report the isolation of representatives of the SAR11 clade. Eighteen cultures were initially obtained by means of high-throughput procedures for isolating cell cultures through the dilution of natural microbial communities into very low nutrient media. Eleven of these cultures have been successfully passaged and cryopreserved for future study. The volume of these cells, about 0.01 micro m(3), places them among the smallest free-living cells in culture.