核になる：遺伝子ファミリーの進化と脊椎動物の系統発生が調整されました

遺伝子の重複は脊椎動物の進化を通して一般的であり、パラロジーを導入し、核遺伝子からの系統発生推論を複雑にしています。和解した木は、遺伝子系統発生と遺伝子を含む生物の系統発生との関係を使用して、遺伝子重複イベントを特定することで、パラロジーに対処できる1つの方法です。これにより、オーソロガスとパラログの両方のコピーを含む遺伝子ファミリーから系統発生を推測できます。脊椎動物の系統発生は、形態学的および古生物学的データからよく理解されていますが、ミトコンドリアシーケンスデータを使用した研究では、この古典的な見解を再現できませんでした。118の脊椎動物遺伝子ファミリーのデータベースの調整されたツリー分析は、主に古典的な脊椎動物系統発生をサポートしています。

Gene duplications have been common throughout vertebrate evolution, introducing paralogy and so complicating phylogenetic inference from nuclear genes. Reconciled trees are one method capable of dealing with paralogy, using the relationship between a gene phylogeny and the phylogeny of the organisms containing those genes to identify gene duplication events. This allows us to infer phylogenies from gene families containing both orthologous and paralogous copies. Vertebrate phylogeny is well understood from morphological and palaeontological data, but studies using mitochondrial sequence data have failed to reproduce this classical view. Reconciled tree analysis of a database of 118 vertebrate gene families supports a largely classical vertebrate phylogeny.