T細胞急性リンパ芽球性白血病細胞株のゲノム不均衡

ゲノムの不均衡は、比較ゲノムハイブリダイゼーション（CGH）技術を使用して、15 T細胞の急性リンパ芽球性白血病細胞株で調査されました。さらに、細胞質薬ドキソルビシンに対するin vitro反応は、成長阻害アッセイによって評価されました。有意なDNAコピー数の変化（CNA）の数は、細胞株あたり0〜16まで変化し、境界性の重要性を持つ追加の変化の数は0〜7の範囲でした。3つの細胞株には、>/= 20のゲノム変化の総数があり、5つは11-19に、8つは</= 10 CNAでした。1つの細胞株は、不均衡をまったく示しませんでした。重要なCNAの中で、ゲノム材料の損失は利益よりもわずかに頻繁でした（60:49）。損失と比較して、境界線の変化の中で利益が支配的でした（45：9）。検査されたすべての細胞株に共通するCNAは見つかりませんでした。最も頻繁なゲノムの不均衡（6Q23のゲイン）は、15の細胞株のうち9つによって共有されました。18四半期の大幅な損失が8行で観察されましたが、しばしば境界線の重要性に近いことがありました。7つの細胞株は、染色体9またはその一部の短い腕全体が最小限のオーバーラップ帯として損失することを特徴としました。興味深いことに、9p21削除を伴う細胞株は、この削除のない細胞株と比較して、ゲイン数の2倍のゲイン数と1行あたりの損失数の1.6倍を示しました。9pの削除に伴うCNAの一貫したパターンは検出できませんでしたが、一部の関連は他の関連よりも明白でした。たとえば、DEL（9P21）の5つの細胞株で6Q22のゲイン（9p21）、6p21の6p21と6q22のゲインを組み合わせた6p21、および4つの細胞株で20Q、これらの7つの系統のうち3つで1p32のうち、3つで14q32の損失。9pの削除を伴う3つのラインの利益は、6p21、6q22、20qの共通の増加を示しました。それぞれ、拡張機能（6q22）またはDIM（14q32）は、9pの欠失がない9つの細胞株の1つのみで見つかりました。ドキソルビシンの細胞株の線量応答曲線に基づいて、8つのドキソルビシン感受性細胞株の阻害濃度は50％（IC50）<10 nM（CCRF-CEM2、Jurkat、KE-37、Molt-3、Molt-4、p12-ichikawa、ピア、およびRPMI-8402）および7つのドキソルビシン耐性細胞株には、IC50> 10 nm（BE-13、CCRF-CEM1、HUT-78、J-JHAN、Karpas-45、Molt-17、およびPF-382）。細胞株あたりのCNAの平均数は、耐性グループよりも敏感なものの方が高かった（合計13.1：8.5、重要なCNAS 9.1：5.8）。

Genomic imbalances were investigated in 15 T-cell acute lymphoblastic leukemia cell lines using the comparative genomic hybridization (CGH) technique. In addition, in vitro response to the cytostatic drug doxorubicin was evaluated by means of a growth inhibition assay. The number of significant DNA copy number alterations (CNAs) varied from 0 to 16 per cell line and the number of additional alterations with borderline significance was in a range of 0-7. Three of the cell lines had a total number of genomic changes of >/=20, five had 11-19, and eight had </=10 CNAs. One cell line did not show any imbalance at all. Among the significant CNAs, losses of genomic material were slightly more frequent than gains (60:49). Gains dominated among the borderline alterations compared to losses (45:9). CNAs common to all cell lines examined were not found. The most frequent genomic imbalance (gain of 6q23) was shared by 9 of the 15 cell lines. A significant loss of 18q23 was observed in eight lines, however, often close to borderline significance. Seven of the cell lines were characterized by a loss of the entire short arm of chromosome 9 or parts of it with 9p21 as minimal band of overlap. Interestingly, cell lines with a 9p21 deletion exhibited twice the number of gains and 1.6 times the number of losses per line as compared with the cell lines without this deletion. A consistent pattern of the CNAs accompanying the 9p deletion could not be detected, although some associations were more obvious than others, e.g., gains of 6q22 in five cell lines with del(9p21), of 6p21 in four lines combined with a gain of 6q22, and of 20q in four cell lines, of 1p32 in three of these seven lines, a loss of 14q32 in three of them. Three of the lines with 9p deletion had gains of 6p21, 6q22 and 20q in common. Enh(6q22) or dim(14q32), respectively, were found in only one of the nine cell lines without the 9p deletion. Based on the dose response curves of the cell lines for doxorubicin, eight doxorubicin-sensitive cell lines had an inhibition concentration 50% (IC50) <10 nM (CCRF-CEM2, JURKAT, KE-37, MOLT-3, MOLT-4, P12-Ichikawa, PEER, and RPMI-8402) and seven doxorubicin-resistant cell lines had an IC50 >10 nM (BE-13, CCRF-CEM1, HUT-78, J-Jhan, Karpas-45, MOLT-17, and PF-382). The average number of CNAs per cell line was higher in the sensitive than in the resistant group (total 13.1:8.5; significant CNAs 9.1:5.8).