マスクレスフォトリソグラフィによって生成されたオリゴヌクレオチドアレイを使用した遺伝子発現分析

195,000個のその場で合成されたオリゴヌクレオチド機能を含むマイクロアレイは、ベンチトップのマスクレスフォトリソグラフィー機器を使用して作成されています。この機器であるマスクレスアレイシンセサイザー（MAS）は、Texas Instrumentsによって開発されたデジタルライトプロセッサ（DLP）を使用しています。DLPは、オリゴヌクレオチドの光指向合成で使用されるUV光のパターンを作成します。このデジタルマスクは、高価で時間のかかるクロムマスクの必要性を排除します。このレポートでは、ガラス面でのDNA合成のためにこのマスクレス技術をテストした実験について説明します。調査したパラメーターには、脱保護率、反復収量、およびオリゴヌクレオチドの長さが含まれていました。カスタム遺伝子発現アレイは製造され、ショウジョウバエのメラノガスターとマウスのサンプルにハイブリダイズしました。定量的PCRを使用して、マウスアレイの遺伝子発現データを検証しました。

Microarrays containing 195,000 in situ synthesized oligonucleotide features have been created using a benchtop, maskless photolithographic instrument. This instrument, the Maskless Array Synthesizer (MAS), uses a digital light processor (DLP) developed by Texas Instruments. The DLP creates the patterns of UV light used in the light-directed synthesis of oligonucleotides. This digital mask eliminates the need for expensive and time-consuming chromium masks. In this report, we describe experiments in which we tested this maskless technology for DNA synthesis on glass surfaces. Parameters examined included deprotection rates, repetitive yields, and oligonucleotide length. Custom gene expression arrays were manufactured and hybridized to Drosophila melanogaster and mouse samples. Quantitative PCR was used to validate the gene expression data from the mouse arrays.