Methprimer：メチル化PCRのプライマーの設計

動機：DNAメチル化は、遺伝子調節のエピジェネティックなメカニズムです。ビスル酸塩シーケンスPCR（BSP）やメチル化特異的PCR（MSP）などのビスル酸塩ベースのPCR法は、メチル化マッピングに最も一般的に使用される技術のままです。標準のPCR向けに開発された既存のプライマー設計プログラムは、ビスル酸塩処理によって引き起こされるDNA配列コンテキストの変化と、そのような実験のために増幅されるプライマーと領域の両方での多くの特別な制約のために、ビゾル誘導ベースのPCRのプライマー設計を処理することはできません。したがって、本研究は、そのようなアプリケーションのためのプログラムを開発するように設計されました。 結果：Primer 3に基づくMethprimerは、メチル化マッピング用のPCRプライマーを設計するためのプログラムです。最初に入力としてDNAシーケンスを取得し、潜在的なCPG島のシーケンスを検索します。次に、プライマーは、予測されたCPG島の周りまたはユーザーが指定した地域の周りに選ばれます。Methprimerは、BSPおよびMSPのプライマーを設計できます。プライマー選択の結果は、テキストおよびグラフィックビューでWebブラウザを介して配信されます。

MOTIVATION: DNA methylation is an epigenetic mechanism of gene regulation. Bisulfite- conversion-based PCR methods, such as bisulfite sequencing PCR (BSP) and methylation specific PCR (MSP), remain the most commonly used techniques for methylation mapping. Existing primer design programs developed for standard PCR cannot handle primer design for bisulfite-conversion-based PCRs due to changes in DNA sequence context caused by bisulfite treatment and many special constraints both on the primers and the region to be amplified for such experiments. Therefore, the present study was designed to develop a program for such applications. RESULTS: MethPrimer, based on Primer 3, is a program for designing PCR primers for methylation mapping. It first takes a DNA sequence as its input and searches the sequence for potential CpG islands. Primers are then picked around the predicted CpG islands or around regions specified by users. MethPrimer can design primers for BSP and MSP. Results of primer selection are delivered through a web browser in text and in graphic view.