胚に優先的に蓄積するMADSドメインタンパク質であるAGL15によって制御される遺伝子を分離するためのクロマチン免疫沈降（CHIP）アプローチ

Agamous-like-15（Agl15）は、胚モードで発達する組織で優先的に蓄積するDNA結合調節因子のMADSドメインファミリーのメンバーです。AGL15がどのように機能するかをよりよく理解するために、AGL15によって直接調節される遺伝子を分離するためのクロマチン免疫沈降（CHIP）アプローチを開発しました。CHIPは、in vivoタンパク質DNA複合体の精製を可能にします。共精製DNAが回収され、推定的に調節された遺伝子を分離するために使用されます。推定上の下流の標的遺伝子がDNA結合タンパク質によって真に調節されていることを示すために、いくつかのテストを実行する必要があります。DNA結合調節タンパク質は、CIS調節要素と相互作用する必要があります。下流の遺伝子発現パターンは、トランス作動する調節因子のレベルに応答する必要があります。CIS要素は、トランス作用係数に応じて規制を付与できるはずです。このレポートでは、CHIPプロトコルを詳細に説明し、CHIPで識別された2つのターゲットについてAGL15による規制を確認するためのテストについて詳しく説明します。これらのターゲットは、AGL15（DTA1およびDTA2）の下流ターゲットと呼ばれます。Ga-2オキシダーゼ様タンパク質と高い類似性を持つタンパク質をコードするDTA1の発現は、AGL15によって誘導されます。DTA2は新規タンパク質をコードし、この標的の発現はAGL15によって抑制されます。

AGAMOUS-like-15 (AGL15) is a member of the MADS-domain family of DNA-binding regulatory factors that accumulates preferentially in tissue developing in an embryonic mode. To better understand how AGL15 functions, we developed a chromatin immunoprecipitation (ChIP) approach to isolate genes regulated directly by AGL15. ChIP allows purification of in vivo protein-DNA complexes. The co-purified DNA is recovered and used to isolate the putatively regulated gene. Several tests must be performed to show that the putative downstream target gene is truly regulated by the DNA-binding protein. The DNA-binding regulatory protein must interact with cis regulatory elements. The downstream gene expression pattern should respond to the level of the trans-acting regulatory factor. The cis element should be able to confer regulation in response to the trans-acting factor. We describe, in this report, our ChIP protocol, and discuss in detail, tests to confirm regulation by AGL15 for two targets identified by ChIP. These targets are referred to as Downstream Target of AGL15 (DTA1 and DTA2). Expression of DTA1, which encodes a protein with high similarity to GA-2 oxidase-like proteins, is induced by AGL15. DTA2 encodes a novel protein and expression of this target is repressed by AGL15.