16S rRNA遺伝子のPCR増幅によるマイコプラズマ性器の検出

マイコプラズマ性器の検出のために種固有のPCRを開発するために、16S rRNA遺伝子の1,490塩基の配列がM. genitalium G37（型株）およびM. genitaliumの4つのデンマーク分離株について決定されました。MGPA遺伝子と相互に異なる4つのデンマーク株の配列は、タイプ株と比較して単一の一般的な塩基置換を運んでいましたが、100％相同でした。マイコプラズマ肺炎系統系クラスターのメンバーの中で、M。genitaliumは、肺炎M。16SrRNA配列（98％相同性）と最も有名な相同性を示しました。最も相同性を示す領域からM.肺炎16S rRNA遺伝子配列への領域から、M。genitaliumのみからDNAを増幅するためにプライマーが選択されました。M.肺炎との交差反応なしに、10〜50のM.性器ゲノムコピーを検出する能力のために、2セットのプライマーが選択されました。これらのプライマーの性能は、MGPAアドヘシン遺伝子の部分を増幅する2組のプライマーの性能と比較されました。クラミジアトラコマチス培養のために提出されたランダムに選択された標本1,030は、16S RRNA遺伝子プライマーセットの1つでスクリーニングされました。合計41個の標本がこの遺伝子に対して陽性であることがわかりました。これらのうち40はMGPAプライマーセットの1つによって確認できますが、他のMGPAプライマーセットは40のうち21の陽性標本のみを検出しました。これらの結果は、MGPA PCRプライマーを使用したさまざまな集団におけるM. genitaliumの有病率の推定値が、PCRプライマーがMGPA遺伝子に配置されている場合、誤って低くなる可能性があることを示しています。

In order to develop a species-specific PCR for the detection of Mycoplasma genitalium, the sequence of 1,490 bases of the 16S rRNA gene was determined for M. genitalium G37 (type strain) and four Danish isolates of M. genitalium. The sequences of the four Danish strains, mutually different with respect to their MgPa gene, were 100% homologous, although they carried a single common base substitution compared to the type strain. Among members of the Mycoplasma pneumoniae phylogenetic cluster, M. genitalium showed the most-prominent homology to the 16S rRNA sequence of M. pneumoniae (98% homology). From regions showing the least homology to the M. pneumoniae 16S rRNA gene sequence, primers were chosen to amplify DNA from M. genitalium only. Two sets of primers were selected for their ability to detect <10 to 50 M. genitalium genome copies without cross-reactions with M. pneumoniae. The performance of these primers was compared to the performance of two pairs of primers amplifying parts of the MgPa adhesin gene; 1,030 randomly selected specimens submitted for Chlamydia trachomatis culture were screened with one of the 16S rRNA gene primer sets. A total of 41 specimens were found to be positive for this gene; 40 of these could be confirmed by one of the MgPa primer sets, whereas the other MgPa primer set detected only 21 positive specimens out of 40. These results indicate that estimates of the prevalence of M. genitalium in various populations using MgPa PCR primers could be incorrectly low if the PCR primers are located in variable regions of the MgPa gene.