Blastzとのヒューマウスマウスのアライメント

マウスゲノム分析コンソーシアムは、さまざまなニーズに合ったアライメントプログラムを使用して、さまざまな目的でヒトおよびマウスのゲノム配列を整列させました。ゲノムの進化に関する問題を調査するためには、中立的に進化する領域の大部分の調整を可能にするために特に敏感な方法が必要でした。Blastzというプログラムを選択しました。Blastzは、2つの長いゲノムシーケンスを調整するために特別に設計されたギャップBlastアルゴリズムの独立した実装です。その後、Blastzは修正され、両方とも哺乳類のゲノム全体を調整するのに適切な効率を達成し、その感度を高めるために修正されました。この作業では、Blastz、その修正、私たちがそれを実行するハードウェア環境、およびその結果を検証するためのいくつかの経験的研究について説明しています。

The Mouse Genome Analysis Consortium aligned the human and mouse genome sequences for a variety of purposes, using alignment programs that suited the various needs. For investigating issues regarding genome evolution, a particularly sensitive method was needed to permit alignment of a large proportion of the neutrally evolving regions. We selected a program called BLASTZ, an independent implementation of the Gapped BLAST algorithm specifically designed for aligning two long genomic sequences. BLASTZ was subsequently modified, both to attain efficiency adequate for aligning entire mammalian genomes and to increase its sensitivity. This work describes BLASTZ, its modifications, the hardware environment on which we run it, and several empirical studies to validate its results.