WET-CPMGパルスシーケンスを使用したメタボノリクス分析におけるタンパク質シグナルの枯渇

核磁気共鳴（NMR）分光法は、尿、血漿、血清などのバイオ流体の包括的な代謝プロファイルを提供できる強力な分析ツールです。残念ながら、血清と血漿を測定する場合、高タンパク質濃度は低分子量代謝産物に由来するシグナルを曖昧にする可能性があります。1次元のプロトン（1H）NMRスペクトルにおける高分子信号寄与を除去するために、高速スピンエコーのCarr-Purcell-Meiboom-Gill（CPMG）パルストレイン内の異なるパラメーターの使用を評価しました。CPMGパルストレインの再焦点遅延、パルスの誤り、リサイクル時間などの実験パラメーターを調べて、自由で低分子量代謝物に起因する信号に有害な効果を引き起こすことなく、スペクトルからタンパク質シグナルを除去する能力を評価しました。2'-デオキシアデノシンをスパイクしたさまざまな血清サンプルの1H-NMRスペクトルは、さまざまな取得パラメーターを使用して獲得されました。我々の結果は、CPMGスピンエコーと取得パルスフリップ角とリサイクル時間の組み合わせで使用される遅延が、結果の1H-NMRスペクトルで観測された代謝物信号振幅に影響を与える2つの主要な要因であることを示しています。

Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy is a powerful analytical tool capable of providing a comprehensive metabolic profile of biofluids such as urine, plasma, and serum. Unfortunately, when measuring serum and plasma, the high protein concentration can obscure the signals originating from low molecular weight metabolites. We evaluated the use of different parameters within the Carr-Purcell-Meiboom-Gill (CPMG) pulse train of fast spin-echoes to remove the macromolecular signal contribution in one-dimensional proton (1H) NMR spectra. Experimental parameters such as the refocusing delay in the CPMG pulse train, pulse miscalibration, and recycle time were examined to assess the ability to remove the protein signals from the spectrum without causing a deleterious effect on the signals originating from free, low molecular weight metabolites. The 1H-NMR spectra of a variety of serum samples spiked with 2'-deoxyadenosine were acquired using various acquisition parameters. Our results show that the delay used in the CPMG spin-echo and the combination of the acquisition pulse flip angle and recycle time are the two major factors affecting the observed metabolite signal amplitudes in the resulting 1H-NMR spectrum.