コンセンサス脱脱脂ハイブリッドオリゴヌクレオチドプライマーは、乳酸菌Casei基の株におけるエキソポリシル糖遺伝子座のプライミンググリコシルトランスフェラーゼ遺伝子の増幅のための増幅

遠距離関連配列の増幅のためのCodeHop（コンセンサス脱脱脂ハイブリッドオリゴヌクレオチドプライマー）という名前のプライマー設計戦略を使用して、乳酸菌菌群株におけるプライミンググリコシルトランスフェラーゼ（GT）遺伝子を検出しました。各ハイブリッドプライマーは、4つの高度に保存されたアミノ酸に基づいた短い3 '縮退コアと、エキソポリサッカライド（EPS）生産細菌からのプライミングGT遺伝子産物の6つのシーケンスに基づいた長い5'コンセンサスクランプ領域で構成されていました。ハイブリッドプライマーを使用して、44の市販の分離株とLactobacillus rhamnosus、L。casei、Lactobacillus Zeae、およびStreptococcus thermophilusの参照株のプライミングGT遺伝子を検出しました。プライミングGT遺伝子は、L。rhamnosusの非EPS生産（EPS（ - ））とEPS生産（EPS（+））株の両方のゲノムで検出されました。クローン化されたPCR産物の配列は、さまざまなグラム陰性およびグラム陽性EP（+）細菌のプライミングGT遺伝子の配列と類似していた。L. rhamnosus RW-9595M GT遺伝子から設計された特定のプライマーを使用して、L。rhamnosusの選択したEPS（+）株のプライミングGT遺伝子の端を配列しました。系統解析により、Lactobacillus spp。これまでにGT遺伝子が特徴付けられてきた他の乳酸酸細菌とは別に独特のグループを形成します。さらに、シーケンスは、プライミングGT遺伝子の末端領域に関して、L。rhamnosusの株の間に存在する発散を示しています。したがって、CodeHopで設計されたコンセンサス偏光系ハイブリッドプライマーを使用したPCRアプローチは、異なる細菌ゲノムに保存されたモチーフを含む類似の遺伝子を検出するための実用的なアプローチです。

A primer design strategy named CODEHOP (consensus-degenerate hybrid oligonucleotide primer) for amplification of distantly related sequences was used to detect the priming glycosyltransferase (GT) gene in strains of the Lactobacillus casei group. Each hybrid primer consisted of a short 3' degenerate core based on four highly conserved amino acids and a longer 5' consensus clamp region based on six sequences of the priming GT gene products from exopolysaccharide (EPS)-producing bacteria. The hybrid primers were used to detect the priming GT gene of 44 commercial isolates and reference strains of Lactobacillus rhamnosus, L. casei, Lactobacillus zeae, and Streptococcus thermophilus. The priming GT gene was detected in the genome of both non-EPS-producing (EPS(-)) and EPS-producing (EPS(+)) strains of L. rhamnosus. The sequences of the cloned PCR products were similar to those of the priming GT gene of various gram-negative and gram-positive EPS(+) bacteria. Specific primers designed from the L. rhamnosus RW-9595M GT gene were used to sequence the end of the priming GT gene in selected EPS(+) strains of L. rhamnosus. Phylogenetic analysis revealed that Lactobacillus spp. form a distinctive group apart from other lactic acid bacteria for which GT genes have been characterized to date. Moreover, the sequences show a divergence existing among strains of L. rhamnosus with respect to the terminal region of the priming GT gene. Thus, the PCR approach with consensus-degenerate hybrid primers designed with CODEHOP is a practical approach for the detection of similar genes containing conserved motifs in different bacterial genomes.