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ドラフトゲノムシーケンスと、フソバクテリウム核類サブsppの分析を提示します。Vincentii（FNV）、およびそのゲノムをF. nucleatum ATCC 25586（FN）と比較します。FNにオルソログがない合計441 FNVオープンリーディングフレーム（ORF）が特定されています。これらのうち、118のORFには既知の機能がなく、FNVに固有のものですが、323のORFには他の生物に機能的なオーソログがあります。酪酸塩、H2S、およびアンモニア様FNの排泄に加えて、FNVには乳酸酸クックを排泄し、アミノ酸化する能力があります。FNとは異なり、FNVはガラクトピラノース、ガラクトロン、およびシアル酸をそのO抗原に組み込む可能性があります。嫌気性鉄輸送体によって鉄鉄を輸送するようです。真核生物型セリン/スレオニンキナーゼおよびホスファターゼの遺伝子、トランスペプチダーゼE-トランスグリコシラーゼPBP1AはFNVで見られますが、FNでは見られません。FNVでは、一意のABCトランスポーター、不可解なファージ、および3種類の制限修正システムが特定されています。エタノールアミン利用、サーモスタブルカルボキシペプチダーゼ、ガンマグルタミルトランスペプチダーゼ、およびアミノペプチダーゼのデブロッキング用のORFは、FNVには存在しません。FNVは、FNと同様に、古典的なカタラーゼペロキシダーゼ系がありませんが、チオレドキシン/グルタレドキシン酵素は酸化ストレスを緩和する可能性があります。アクリフラビン、バチトラシン、ブレオマイシン、ダウノルビシン、フルフェニコール、その他の一般的な多剤耐性などの抗生物質に対する耐性の遺伝子が存在します。これらの能力により、フソバクテリアは口の中の混合培養で生き残ることができます。
ドラフトゲノムシーケンスと、フソバクテリウム核類サブsppの分析を提示します。Vincentii（FNV）、およびそのゲノムをF. nucleatum ATCC 25586（FN）と比較します。FNにオルソログがない合計441 FNVオープンリーディングフレーム（ORF）が特定されています。これらのうち、118のORFには既知の機能がなく、FNVに固有のものですが、323のORFには他の生物に機能的なオーソログがあります。酪酸塩、H2S、およびアンモニア様FNの排泄に加えて、FNVには乳酸酸クックを排泄し、アミノ酸化する能力があります。FNとは異なり、FNVはガラクトピラノース、ガラクトロン、およびシアル酸をそのO抗原に組み込む可能性があります。嫌気性鉄輸送体によって鉄鉄を輸送するようです。真核生物型セリン/スレオニンキナーゼおよびホスファターゼの遺伝子、トランスペプチダーゼE-トランスグリコシラーゼPBP1AはFNVで見られますが、FNでは見られません。FNVでは、一意のABCトランスポーター、不可解なファージ、および3種類の制限修正システムが特定されています。エタノールアミン利用、サーモスタブルカルボキシペプチダーゼ、ガンマグルタミルトランスペプチダーゼ、およびアミノペプチダーゼのデブロッキング用のORFは、FNVには存在しません。FNVは、FNと同様に、古典的なカタラーゼペロキシダーゼ系がありませんが、チオレドキシン/グルタレドキシン酵素は酸化ストレスを緩和する可能性があります。アクリフラビン、バチトラシン、ブレオマイシン、ダウノルビシン、フルフェニコール、その他の一般的な多剤耐性などの抗生物質に対する耐性の遺伝子が存在します。これらの能力により、フソバクテリアは口の中の混合培養で生き残ることができます。
We present the draft genome sequence and its analysis for Fusobacterium nucleatum sub spp. vincentii (FNV), and compare that genome with F. nucleatum ATCC 25586 (FN). A total of 441 FNV open reading frames (ORFs) with no orthologs in FN have been identified. Of these, 118 ORFs have no known function and are unique to FNV, whereas 323 ORFs have functional orthologs in other organisms. In addition to the excretion of butyrate, H2S and ammonia-like FN, FNV has the additional capability to excrete lactate and aminobutyrate. Unlike FN, FNV is likely to incorporate galactopyranose, galacturonate, and sialic acid into its O-antigen. It appears to transport ferrous iron by an anaerobic ferrous transporter. Genes for eukaryotic type serine/threonine kinase and phosphatase, transpeptidase E-transglycosylase Pbp1A are found in FNV but not in FN. Unique ABC transporters, cryptic phages, and three types of restriction-modification systems have been identified in FNV. ORFs for ethanolamine utilization, thermostable carboxypeptidase, gamma glutamyl-transpeptidase, and deblocking aminopeptidases are absent from FNV. FNV, like FN, lacks the classical catalase-peroxidase system, but thioredoxin/glutaredoxin enzymes might alleviate oxidative stress. Genes for resistance to antibiotics such as acriflavin, bacitracin, bleomycin, daunorubicin, florfenicol, and other general multidrug resistance are present. These capabilities allow Fusobacteria to survive in a mixed culture in the mouth.
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