Swiss-Model：自動化されたタンパク質ホモロジーモデリングサーバー

Swiss-Model（http://swissmodel.expasy.org）は、3次元（3D）タンパク質構造の自動比較モデリングのサーバーです。1993年から自動モデリングの分野を開拓し、今日最も広く使用されている無料のWebベースの自動モデリング施設です。2002年、サーバーは3Dタンパク質モデルに対して120 000のユーザー要求を計算しました。Swiss-Modelは、World Wide Webインターフェイスを通じていくつかのレベルのユーザーインタラクションを提供します。「最初のアプローチモード」では、タンパク質のアミノ酸配列のみが3Dモデルを構築するために提出されます。テンプレートの選択、アライメント、モデル構築は、サーバーによって完全に自動化されます。「アライメントモード」では、モデリングプロセスは、ユーザー定義のターゲットテンプレートアライメントに基づいています。複雑なモデリングタスクは、統合されたシーケンスから構造のワークベンチであるDeepView（Swiss-PDBViewer）を使用して「プロジェクトモード」で処理できます。すべてのモデルは、詳細なモデリングレポートを使用して電子メールで送信されます。whatcheck分析とアノレアの評価はオプションで提供されます。スイスモデルの信頼性は、EVA-CMプロジェクトで継続的に評価されています。Swiss-Modelサーバーは、専門知識の実装を成功させるために、使いやすいサーバーへの実装を改善するために絶え間ない開発中です。

SWISS-MODEL (http://swissmodel.expasy.org) is a server for automated comparative modeling of three-dimensional (3D) protein structures. It pioneered the field of automated modeling starting in 1993 and is the most widely-used free web-based automated modeling facility today. In 2002 the server computed 120 000 user requests for 3D protein models. SWISS-MODEL provides several levels of user interaction through its World Wide Web interface: in the 'first approach mode' only an amino acid sequence of a protein is submitted to build a 3D model. Template selection, alignment and model building are done completely automated by the server. In the 'alignment mode', the modeling process is based on a user-defined target-template alignment. Complex modeling tasks can be handled with the 'project mode' using DeepView (Swiss-PdbViewer), an integrated sequence-to-structure workbench. All models are sent back via email with a detailed modeling report. WhatCheck analyses and ANOLEA evaluations are provided optionally. The reliability of SWISS-MODEL is continuously evaluated in the EVA-CM project. The SWISS-MODEL server is under constant development to improve the successful implementation of expert knowledge into an easy-to-use server.