Caenorhabditis ElegansのTC2トランスポゾンには、自己調節要素の構造があります

線虫Caenorhabditis elegansのTC2トランスポゾンの配列を分析しました。TC2要素の長さは2,074 bpで、24 bpの完全な反転末端反復があります。この要素の構造は、トランスポサゼタンパク質および/または調節機能をコーディングする能力があることを示唆しています。1つのストランドの3つの大きな読み取りフレームは、非ランダムコドンの使用を示し、エクソンを表す場合があります。最初のオープンコーディング領域の前には、潜在的なCAATボックス、TATAボックス、コンセンサスヒートショックシーケンスがあります。逆末端の繰り返しに加えて、TC2には異常な構造的特徴があります。サブ末端の縮退直接反復は、不規則なオーバーラップパターンで配置されています。また、以前に制限フラグメントの長さの多型の原因として特定された2つのTC2要素の挿入部位を調べました。両方の挿入により、2 bpのターゲットサイトの複製が生成されました。1つの要素が別のトランスポゾンの反転端子リピート内に挿入され、2つの不均等な部分に分割されました。

We have analyzed the sequence of the Tc2 transposon of the nematode Caenorhabditis elegans. The Tc2 element is 2,074 bp in length and has perfect inverted terminal repeats of 24 bp. The structure of this element suggests that it may have the capacity to code for a transposase protein and/or for regulatory functions. Three large reading frames on one strand exhibit nonrandom codon usage and may represent exons. The first open coding region is preceded by a potential CAAT box, TATA box, and consensus heat shock sequence. In addition to its inverted terminal repeats, Tc2 has an unusual structural feature: subterminal degenerate direct repeats that are arranged in an irregular overlapping pattern. We have also examined the insertion sites of two Tc2 elements previously identified as the cause of restriction fragment length polymorphisms. Both insertions generated a target site duplication of 2 bp. One element had inserted inside the inverted terminal repeat of another transposon, splitting it into two unequal parts.