ヒトMHCクラスI分子に結合するペプチドに重要なシーケンスモチーフ、HLA-A2

以前の研究では、ほとんどのHLA-A2結合ペプチドは9アミノ酸（AA）残基が長く、P9のLEU、VALまたはLEUが長く、BALまたはLEUであることが示されています。ベータ2-ミクロブリンのペプチド特異的HLA-A2複合体の解離速度を測定することにより、異なるペプチドの結合特性を比較しました。HLA-A2複合体を形成できる可能性があることを特定した最も単純なペプチドには、シーケンス（単一文字AAコード）GLFGGGGGGVがあり、3つの非リルシンAAがHLA-A2に結合するのに十分であることを示しています。P2でLEUを含むほとんどの非ペプチドとP9にBALまたはLEUがHLA-A2に結合できるかどうかを判断するために、公開されたHIVおよびメラノーマタンパク質配列から選択された非ペプチドの結合をテストし、テストした7つのうち6つが安定したHLA-A2を形成することがわかりました。複合体。P2とP11（配列Fiagn-Sayeyv）で見かけのアンカー残基を含む安定したHLA-A2複合体（シーケンスfiagn-sayeyv）を含む安定したHLA-A2複合体から、サイトメガロウイルスGBタンパク質から最適な抗原性アンデカペプチドを特定しました。最後に、Ala-Sustited and Lys-Stitued Peptidesを使用して、HLA-A2に結合するために、インフルエンザAマトリックスPeptide 58-66（シーケンスGILGFVFTL）のすべてのAAの重要性をテストしました。P2、P3、P5-P7、P9を含む安定した結合には、複数の位置が重要であることがわかりました。P2およびP9アンカー残基は、HLA-A2に結合するペプチドにとって最も重要であると結論付けています。ただし、他のペプチド側鎖（特にP3）は相互作用の安定性に寄与します。特定の場合、ペプチド結合の最適長は9つを超えることがあります。

Previous studies have indicated that most HLA-A2-binding peptides are 9 amino acid (aa) residues long, with a Leu at position 2 (P2), and a Val or Leu at P9. We compared the binding properties of different peptides by measuring the rate of dissociation of beta 2-microglobulin from peptide-specific HLA-A2 complexes. The simplest peptide that we identified that could form HLA-A2 complexes had the sequence (in single letter aa code) GLFGGGGGV, indicating that three nonglycine aa are sufficient for binding to HLA-A2. To determine whether most nonapeptides that contained Leu at P2 and Val or Leu at P9 could bind to HLA-A2, we tested the binding of nonapeptides selected from published HIV and melanoma protein sequences, and found that six of seven tested formed stable HLA-A2 complexes. We identified an optimal antigenic undecapeptide from the cytomegalovirus gB protein that could form stable HLA-A2 complexes that contained apparent anchor residues at P2 and P11 (sequence FIAGN-SAYEYV), indicating that the spacing between anchor residues can be somewhat variable. Finally, we tested the importance of every aa in the influenza A matrix peptide 58-66 (sequence GILGFVFTL) for binding to HLA-A2, by using Ala-substituted and Lys-substituted peptides. We found that multiple positions were important for stable binding, including P2, P3, P5-P7, and P9. We conclude that the P2 and P9 anchor residues are of prime importance for peptide binding to HLA-A2. However, other peptide side chains (especially at P3) contribute to the stability of the interaction. In certain cases, the optimal length for peptide binding can be longer than 9 residues.