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DAPIおよびプロピジウムとRNA（polya.polyu）および対応するDNA（polyDA.polydt）配列との相互作用は、分光、動力学、粘度測定、TM、および分子モデリング方法によって比較されています。プロピジウムのスペクトル変化は、ATおよびAuシーケンスへの結合で類似していますが、DAPIの結合については大きく異なります。DNA配列を使用したDAPIのスペクトル変化は、予想されるグルーブ結合モードと一致しています。ただし、RNAおよびDNAを備えたプロピジウムの複合体、およびRNAを使用したDAPIのすべてのスペクトル変化は、挿入結合モードと一致しています。たとえば、RNAと複合した場合、DAPI芳香族のシグナルは上向きに大幅にシフトし、DAPI UV可視スペクトルはDNAと複合化された場合よりも大幅に大きな変化を示します。log kd（解離速度定数）対ログ[Na+]プロットの勾配は、RNAとDNAを備えたプロピジウムの複合体およびDAPI-RNA複合体の複合体で類似しており、インターカレーション複合体に予想される範囲にあります。ただし、DAPI-DNA複合体の勾配ははるかに大きく、溝結合複合体に予想される範囲にあります。アソシエーションの速度論結果は、DAPI-RNA複合体のインターカレーション結合モードもサポートしています。polya.polyu溶液の粘度は、プロピジウムとDAPIの両方の添加により大幅に増加し、再びRNAを伴う両方の分子の挿入結合モードと一致します。分子モデリングの研究は、実験的所見を完全にサポートし、DAPIがRNAと非常に好ましいインターカレーション複合体を形成することを示しています。DAPIはまた、DNAのシーケンスのマイナーな溝に非常に安定した複合体を形成しますが、RNAの幅が広く浅いマイナー溝では、安定化する相互作用はかなり減少します。したがって、モデリングの研究は、DAPI相互作用エネルギー論がATシーケンスでのマイナーガービングの結合により好ましいが、RNAの相互作用により有利であることを示しています。
DAPIおよびプロピジウムとRNA（polya.polyu）および対応するDNA（polyDA.polydt）配列との相互作用は、分光、動力学、粘度測定、TM、および分子モデリング方法によって比較されています。プロピジウムのスペクトル変化は、ATおよびAuシーケンスへの結合で類似していますが、DAPIの結合については大きく異なります。DNA配列を使用したDAPIのスペクトル変化は、予想されるグルーブ結合モードと一致しています。ただし、RNAおよびDNAを備えたプロピジウムの複合体、およびRNAを使用したDAPIのすべてのスペクトル変化は、挿入結合モードと一致しています。たとえば、RNAと複合した場合、DAPI芳香族のシグナルは上向きに大幅にシフトし、DAPI UV可視スペクトルはDNAと複合化された場合よりも大幅に大きな変化を示します。log kd（解離速度定数）対ログ[Na+]プロットの勾配は、RNAとDNAを備えたプロピジウムの複合体およびDAPI-RNA複合体の複合体で類似しており、インターカレーション複合体に予想される範囲にあります。ただし、DAPI-DNA複合体の勾配ははるかに大きく、溝結合複合体に予想される範囲にあります。アソシエーションの速度論結果は、DAPI-RNA複合体のインターカレーション結合モードもサポートしています。polya.polyu溶液の粘度は、プロピジウムとDAPIの両方の添加により大幅に増加し、再びRNAを伴う両方の分子の挿入結合モードと一致します。分子モデリングの研究は、実験的所見を完全にサポートし、DAPIがRNAと非常に好ましいインターカレーション複合体を形成することを示しています。DAPIはまた、DNAのシーケンスのマイナーな溝に非常に安定した複合体を形成しますが、RNAの幅が広く浅いマイナー溝では、安定化する相互作用はかなり減少します。したがって、モデリングの研究は、DAPI相互作用エネルギー論がATシーケンスでのマイナーガービングの結合により好ましいが、RNAの相互作用により有利であることを示しています。
The interaction of DAPI and propidium with RNA (polyA.polyU) and corresponding DNA (polydA.polydT) sequences has been compared by spectroscopic, kinetic, viscometric, Tm, and molecular modeling methods. Spectral changes of propidium are similar on binding to the AT and AU sequences but are significantly different for binding of DAPI. Spectral changes for DAPI with the DNA sequence are consistent with the expected groove-binding mode. All spectral changes for complexes of propidium with RNA and DNA and for DAPI with RNA, however, are consistent with an intercalation binding mode. When complexed with RNA, for example, DAPI aromatic protons signals shift significantly upfield, and the DAPI UV-visible spectrum shows significantly larger changes than when complexed with DNA. Slopes of log kd (dissociation rate constants) versus-log [Na+] plots are similar for complexes of propidium with RNA and DNA and for the DAPI-RNA complex and are in the range expected for an intercalation complex. The slope for the DAPI-DNA complex, however, is much larger and is in the range expected for a groove-binding complex. Association kinetics results also support an intercalation binding mode for the DAPI-RNA complex. The viscosity of polyA.polyU solutions increases significantly on addition of both propidium and DAPI, again in agreement with an intercalation binding mode for both molecules with RNA. Molecular modeling studies completely support the experimental findings and indicate that DAPI forms a very favorable intercalation complex with RNA. DAPI also forms a very stable complex in the minor groove of AT sequences of DNA, but the stabilizing interactions are considerably reduced in the wide, shallow minor groove of RNA. Modeling studies,thus,indicate that DAPI interaction energetics are more favorable for minor-groove binding in AT sequences but are more favorable for interaction in RNA.
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