TATAボックス結合タンパク質関連因子であるTRF3は、脊椎動物特異的で広く発現しています

Tata-Box結合タンパク質（TBP）は、コアプロモーターに結合し、事前発現複合体のアセンブリを開始する高度に保存されたRNAポリメラーゼII一般転写因子です。TBPと高い相同性を持つ2つのタンパク質が発見されています。TBP関連因子1（TRF1）は、ショウジョウバエのメラノガスターでのみ記載されています。TRF2は、後生動物に広く分布しています。ここでは、追加のTBP関連因子TRF3の識別と特性評価を報告します。TRF3は、DNA結合や他の一般的な転写因子との相互作用に関与するすべての残基を含む、C末端コアドメインのTBPと実質的に同一です。他のTBPファミリーメンバーと同様に、TRF3のN末端領域は発散しています。TRF3遺伝子は存在し、魚から人間から脊椎動物で発現していますが、尿路沿いのCiona Intestinalisと下部真核生物D. MelanogasterおよびCaenorhabditis elegansのゲノムはありません。TRF3は、検査されたすべてのヒトおよびマウス組織および細胞株に存在する核タンパク質です。非常に相同性のTBP様C末端コアドメインにもかかわらず、ゲルろ過分析は、TRF3の天然分子量がTFIIDのネイティブ分子量よりもかなり少ないことを示しています。興味深いことに、有糸分裂後、TRF3の核への再輸入は、TBPおよびその他の基礎転写因子に続いて発生します。要約すると、TRF3は高度に保存された脊椎動物特異的TRFであり、系統発生性の保存、発現パターン、およびその他の特性は、TBPおよび他のすべてのTRFの特性とは異なります。

TATA-box-binding protein (TBP) is a highly conserved RNA polymerase II general transcription factor that binds to the core promoter and initiates assembly of the preinitiation complex. Two proteins with high homology to TBP have been found: TBP-related factor 1 (TRF1), described only in Drosophila melanogaster, and TRF2, which is broadly distributed in metazoans. Here, we report the identification and characterization of an additional TBP-related factor, TRF3. TRF3 is virtually identical to TBP in the C-terminal core domain, including all residues involved in DNA binding and interaction with other general transcription factors. Like other TBP family members, the N-terminal region of TRF3 is divergent. The TRF3 gene is present and expressed in vertebrates, from fish through humans, but absent from the genomes of the urochordate Ciona intestinalis and the lower eukaryotes D. melanogaster and Caenorhabditis elegans. TRF3 is a nuclear protein that is present in all human and mouse tissues and cell lines examined. Despite the highly homologous TBP-like C-terminal core domain, gel filtration analysis indicates that the native molecular weight of TRF3 is substantially less than that of TFIID. Interestingly, after mitosis, reimport of TRF3 into the nucleus occurs subsequent to TBP and other basal transcription factors. In summary, TRF3 is a highly conserved vertebrate-specific TRF whose phylogenetic conservation, expression pattern, and other properties are distinct from those of TBP and all other TRFs.