分離、結晶化、結晶構造分析、および22件の解像度での赤い藻類ポルフィリジウムsordidumからのB-フィコエリトリンの改良性

赤い藻類ポルフィリジウムsordidumからの光産卵性色素タンパク質複合体B-フィコーリスリンは分離され、結晶化されています。B-Phycoerythrinは、（アルファベータ）6ガンマ集合体を形成する3つの異なるサブユニットで構成されています。（アルファベータ）6ヘキサマーの3次元構造は、Fremyella diprosiphonのC-フィコシアニンの分子モデルを使用したパターソン検索技術によって解決されました。結晶細胞の非対称単位（A = b = 111.2 a、c = 59.9 a、alpha = beta = 90度、ガンマ= 120度）の非対称単位には、局所ダイアドに関連する2つの（アルファベータ）モノマーが含まれています。C-Phycocyaninのように、（アルファベータ）6ヘキサマーを構築する結晶学的な3倍軸の周りに3つの非対称ユニットが配置されています。結晶構造は、エネルギーに覆われた結晶学の洗練とモデルの構築によって洗練されています。最終モデルの従来のRファクターは18.9％で、データは2.2分の2.2でした。アルファおよびベータサブユニットの分子構造は、C-フィコシアニンの分子構造に似ています。フィコシアニンと比較した主要な変化は、タンパク質と色素圏の相互作用に関与するセグメントの削除または挿入によって引き起こされます。単独でリンクされたフィコイリ皮菌発色団のアルファ84、アルファ-140A、ベータ84、ベータ-155は、それぞれリングAによってシステインに共有結合して結合します。リングAおよびリングDを介したシステインベータ61では、B-フィコエリスリンにはさらに30 kDaガンマサブユニットが含まれています。これは、おそらくヘキサマーの中心空洞に位置しています。結晶と局所的な対称性の平均の結果として、それは無秩序です。

The light-harvesting pigment-protein complex B-phycoerythrin from the red alga Porphyridium sordidum has been isolated and crystallized. B-Phycoerythrin consists of three different subunits forming an (alpha beta)6 gamma aggregate. The three-dimensional structure of the (alpha beta)6 hexamer was solved by Patterson search techniques using the molecular model of C-phycocyanin from Fremyella diplosiphon. The asymmetric unit of the crystal cell (space group P3, with a = b = 111.2 A, c = 59.9 A, alpha = beta = 90 degrees, gamma = 120 degrees) contains two (alpha beta) monomers related by a local dyad. Three asymmetric units are arranged around the crystallographic 3-fold axis building an (alpha beta)6 hexamer, as in C-phycocyanin. The crystal structure has been refined by energy-restrained crystallographic refinement and model building. The conventional R-factor of the final model was 18.9% with data to 2.2 A resolution. The molecular structures of the alpha and beta-subunits resemble those of C-phycocyanin. Major changes in comparison to phycocyanin are caused by deletion or insertion of segments involved in protein-chromophore interactions. The singly linked phycoerythrobilin chromophores alpha-84, alpha-140a, beta-84 and beta-155 are each covalently bound to a cysteine by ring A. The doubly linked chromophore beta-50/beta-61 is attached at cysteine beta-50 through ring A and at cysteine beta-61 through ring D. B-Phycoerythrin contains additionally a 30 kDa gamma-subunit, which is presumably located in the central cavity of the hexamer. It is disordered, as a consequence of crystal and local symmetry averaging.