完全な細菌ゲノムのsilico分析：PCR、AFLP-PCRおよびエンドヌクレアーゼ制限

Unlabelled：私たちは、PCR増幅、増幅断片長多型（AFLP-PCR）およびエンドヌクレアーゼによって完全に配列決定された細菌ゲノムで3つの基本タスクを実行するソフトウェアプログラムを実行するWebサイトwww.in-silico.comを開発しました。制限。PCRの場合、ゲノムの選択とプライマーの導入後、フラグメントサイズ、DNA配列、および結果のPCR産物の対応するオープンリーディングフレーム（ORF）同一性が計算されます。シーケンスされた種のプラスミドが分析に含まれる場合があります。理論的AFLP-PCRは、同様のパラメーターを分析し、選択したゲノムに最大50アンプリコンを生成する商用制限酵素ペアのリストを提供する提案ツールを含みます。完全なゲノムとプラスミドのエンドヌクレアーゼ制限分析は、特定のゲノムのエンドヌクレアーゼの制限部位の数を計算します。フラグメントの数が50以下の場合、パルスフィールドゲル電気泳動画像と制限マップが示されています。このサイトに含まれている他のツールは、ユーザー定義のDNA配列の制限消化と同様に、名前とDNAによるタンパク質翻訳によるORF検索です。 可用性：これは、http：//www.in-silico.comでインターネットで自由に利用できる新しい分子生物学リソースです。

UNLABELLED: We have developed a website, www.in-silico.com, which runs a software program that performs three basic tasks in completely sequenced bacterial genomes by in silico analysis: PCR amplification, amplified fragment length polymorphism (AFLP-PCR) and endonuclease restriction. For PCR, after selection of the genome and introduction of primers, fragment size, DNA sequence and corresponding open reading frame (ORF) identity of the resulting PCR product is computed. Plasmids of sequenced species may be included in the analysis. Theoretical AFLP-PCR analyzes similar parameters, and includes a suggestion tool providing a list of commercial restriction enzyme pairs yielding up to 50 amplicons in the selected genome. Endonuclease restriction analysis of complete genomes and plasmids calculates the number of restriction sites for endonucleases in a given genome. If the number of fragments is 50 or fewer, pulsed field gel electrophoresis image and restriction maps are illustrated. Other tools that have been included in this site are ORF search by name and DNA to protein translation as well as restriction digestion of user-defined DNA sequences. AVAILABILITY: This is a new molecular biology resource freely available over the Internet at http://www.in-silico.com