Vax/VMSシステムでGenetics Computer Group（GCG）ソフトウェア（71）を使用したPCRプライマーの設計のためのシェルプログラム

PCRプライマーの設計用の多くのソフトウェア分析パッケージは、PCで利用できます。ただし、VAX/VMSオペレーティングシステムに依存するユーザー向けソフトウェアは利用できません。オリゴヌクレオチドをRNA分子として扱うことにより、Genetics Computer Group（GCG、Madison、Wi）から現在入手可能なソフトウェアを使用して、オリゴヌクレオチド相互作用を研究するための代替手段を設計しました。自己および非自己とのオリゴヌクレオチドの相互作用は、RNA分子の最小自由エネルギーの二次構造を見つけるプログラムであるGCG Foldプログラムによって分析されます。このアプローチにより、自己拡大プライマーペアの識別が可能になり、相互作用エネルギーは最適なPCRプライマーの予測のガイドラインを提供します。

A number of software analysis packages for the design of PCR primers are available for PCs; however, software for users that depend on VAX/VMS operating systems is not available. By treating oligonucleotides as RNA molecules, I have designed an alternative means toward studying oligonucleotide interactions using software that is currently available from The Genetics Computer Group (GCG, Madison, WI). The oligonucleotide interactions with self and non-self are analyzed by the GCG FOLD program, a program which finds a secondary structure of minimum free energy for an RNA molecule. This approach allows the identification of self-priming primer pairs, and the interaction energies provide a guideline for the prediction of optimal PCR primers.