Bifidobacterium longumの3つのプラスミドの分子特性

RW048株からのPNAC1（3538bp）、およびBifidobacterium longumの株RW041からのPNAC2（3684bp）およびPNAC3（10,224bp）の完全なヌクレオチド配列が決定されました。PNAC1の最大のORF（REPB）は、宿主細胞の一本鎖中間体の実証によって確認されたローリング円（RC）の複製メカニズムに関与したものと同様の推定タンパク質をコードします。PNAC2の推定REPB遺伝子産物は、PDOJH10LおよびPKJ36の複製タンパク質に最も類似しています。2番目の遺伝子（MOB）は、活用に関与する動員タンパク質に似ています。プラスミドPNAC3は、これまで配列決定される最大のビフィドバクテリアプラスミドです。PNAC3によってコードされた8つの推定遺伝子産物のうち、1つは複製タンパク質（REPB）に類似しており、別の（ORF2）推定トランスファータンパク質（TRA）に似ています。ビフィドバクテリアプラスミドは、レプチャン酸配列相同性に基づいて5つのグループに分けられ、その結果はB. longumの新しいプラスミドファミリーを示唆しています。

The complete nucleotide sequences for pNAC1 (3538bp) from strain RW048 as well as for pNAC2 (3684bp) and pNAC3 (10,224bp) from strain RW041 of Bifidobacterium longum were determined. The largest ORF (repB) of pNAC1 encodes a putative protein similar to those involved in a rolling-circle (RC) replication mechanism, which was confirmed by demonstration of single-strand intermediates in the host cell. The putative RepB gene product of pNAC2 is most similar to the replication protein of pDOJH10L and pKJ36. A second gene (mob) is similar to mobilization proteins involved in conjugation. Plasmid pNAC3 is the largest bifidobacterial plasmid to be sequenced to date. Of the eight putative gene products coded by pNAC3, one is similar to replication proteins (RepB), and another (Orf2) to putative transfer proteins (Tra). Bifidobacterial plasmids were divided into five groups based on Rep amino acid sequence homology and the results suggest a new plasmid family for B. longum.