ESTシーケンス分析によるヒト軟骨細胞HCS-2/8細胞株の遺伝子発現プロファイル

細胞型固有のライブラリからランダムに選択されたcDNAクローンの大規模なシングルパスシーケンスは、新規遺伝子機能の発見、新規遺伝子ファミリーメンバーの識別、および遺伝子発現プロファイルの定義の強力なアプローチであることが証明されています。HCS-2/8軟骨細胞は、軟骨細胞の分化を研究するための細胞培養モデルとして使用されています。ここでは、HCS-2/8細胞のcDNAの5 '端から得られた3350のシングルパスシーケンス反応を実行しました。HCS-2/8軟骨細胞の式プロファイルを定義するために、データベース検索（BLAST）を使用してこれらの代表的なcDNA配列の同一性を分析しました。配列は、既知の機能（つまり、ユニゲンクラスター）を持つ1927年のユニークな遺伝子、既知の機能を持つ遺伝子に類似した38の転写産物、739が機能不明の遺伝子（すなわち、発現配列タグ）、および以前に配列決定されていない18 cDNAを表します。。興味深いことに、多くの転写産物は総遺伝子と比較して染色体12から発現しましたが、染色体14、18、およびYの遺伝子に由来するcDNAの数は少なくなりました。細胞の構造と運動性、および最も頻繁に発現する20のユニゲンは、軟骨細胞関連の遺伝子発現シグネチャを反映しています。したがって、我々のデータは、軟骨細胞株で発現する2000を超える遺伝子の代表的なセットを確立します。この発見は、軟骨の形成とリモデリングにおける細胞の成長と軟骨細胞の分化とその代謝機能を理解するためのフレームワークを提供します。

Large-scale single-pass sequencing of randomly selected cDNA clones from cell type specific libraries has proven to be a powerful approach for the discovery of novel gene functions, identification of novel gene family members, and definition of gene expression profiles. HCS-2/8 chondrocyte has been used as a cell culture model to study chondrocyte differentiation. Here we performed 3350 single-pass sequencing reactions obtained from the 5' ends of cDNAs from HCS-2/8 cells. To define the expression profiles of HCS-2/8 chondrocytes, we analyzed the identity of these representative cDNA sequences using database searches (BLAST). The sequences represent 1927 unique genes with known function (i.e., unigene clusters), 38 transcripts that are similar to genes with known function, 739 expressed genes with unknown function (i.e., expressed sequence tags), and 18 cDNAs which have not previously been sequenced. Interestingly, many transcripts were expressed from chromosome 12 compared with total genes, while the fewer numbers of cDNAs were derived from genes on chromosomes 14, 18 and Y. The chondrocytic phenotype of HCS-2/8 cells is reflected by abundant expression of genes related to cell structure and motility and the 20 most frequently expressed unigenes reflect a chondrocyte-related gene expression signature. Thus, our data establish a representative set of more than 2000 genes expressed in a chondrocytic cell line. This finding provides a framework for understanding cell growth and differentiation of chondrocytes and their metabolic function in the formation and remodeling of cartilage.