酵素媒介DNAループ

DNAのほとんどの反応は、DNA内の2つ以上の部位と相互作用する多量体タンパク質複合体によって実行され、したがって部位間でDNAをループします。これらの反応を触媒する酵素は、通常、両方の部位と相互作用するまで活性がありません。このレビューでは、2つのDNA部位にまたがるタンパク質複合体のアセンブリと酵素活性の結果として生じるトリガーのメカニズムを調べます。酵素複合体に遠くのDNA部位をまとめるための2つの主要なルートがあります。タンパク質は両方の部位に同時に結合し、ループで介在するDNAをキャプチャするか、ある部位と別の部位の間のDNAを拡大するループに移動させます。エネルギー依存性転座メカニズム。DNAを切断する前に2つの認識部位と相互作用するさまざまな種類の制限エンドヌクレアーゼを参照して、キャプチャと転座の両方のメカニズムについて説明します。

Most reactions on DNA are carried out by multimeric protein complexes that interact with two or more sites in the DNA and thus loop out the DNA between the sites. The enzymes that catalyze these reactions usually have no activity until they interact with both sites. This review examines the mechanisms for the assembly of protein complexes spanning two DNA sites and the resultant triggering of enzyme activity. There are two main routes for bringing together distant DNA sites in an enzyme complex: either the proteins bind concurrently to both sites and capture the intervening DNA in a loop, or they translocate the DNA between one site and another into an expanding loop, by an energy-dependent translocation mechanism. Both capture and translocation mechanisms are discussed here, with reference to the various types of restriction endonuclease that interact with two recognition sites before cleaving DNA.