多くの一般的に使用されているsiRNAは、ターゲットオフターゲット活動を危険にさらしています

小さな干渉RNA（siRNA）を使用して配列特異的遺伝子サイレンシングを誘導することは、機能性ゲノミクスの標準ツールになりつつあります。siRNAは、場合によってはmRNA標的で不一致に耐えるため、意図した標的以外の遺伝子のノックダウンは、結果を解釈するのが難しくなる可能性があります。359の公開されたsiRNA配列の調査で、約75％が非特異的効果を引き出すリスクがあることがわかりました。これの考えられる原因は、人気のあるブラスト検索エンジンです。これは、sirnasなどの短いオリゴには不適切です。さらに、新しい特別な目的のハードウェアを使用して、可能なすべてのsiRNAのトランスクリプトーム全体のスクリーニングを行い、いくつかの不一致が許可されていても、ターゲットごとに多くのユニークなsiRNAが存在することを示します。したがって、ターゲットの効果のリスクは不要であり、将来のsiRNA設計では避けるべきであると主張します。

Using small interfering RNA (siRNA) to induce sequence specific gene silencing is fast becoming a standard tool in functional genomics. As siRNAs in some cases tolerate mismatches with the mRNA target, knockdown of genes other than the intended target could make results difficult to interpret. In an investigation of 359 published siRNA sequences, we have found that about 75% of them have a risk of eliciting non-specific effects. A possible cause for this is the popular BLAST search engine, which is inappropriate for such short oligos as siRNAs. Furthermore, we used new special purpose hardware to do a transcriptome-wide screening of all possible siRNAs, and show that many unique siRNAs exist per target even if several mismatches are allowed. Hence, we argue that the risk of off-target effects is unnecessary and should be avoided in future siRNA design.