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American journal of human genetics2004Sep01Vol.75issue(3)

比較ゲノム分析は、ADPリボシル化因子様遺伝子をバルデットビード症候群の原因として識別します(BBS3)

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文献タイプ:
  • Journal Article
  • Research Support, Non-U.S. Gov't
  • Research Support, U.S. Gov't, P.H.S.
概要
Abstract

Bardet-Biedl症候群(BBS)は、肥満、網膜症、多発性、腎臓および心臓の奇形、学習障害、および視神経過失を特徴とする遺伝的にゼネロゼーションの多面的なヒト障害です。8つのBBS遺伝子座がマッピングされており、7つの遺伝子が特定されています。BBS3は、以前は、大規模なイスラエルのベド​​ウィン家系におけるリンケージ分析により、染色体3にマッピングされていました。BBS3遺伝子座にマッピングする他のファミリの希少性により、位置クローニングによって遺伝子を識別するのに十分な疾患の間隔を狭めることが困難になりました。既知のBBS遺伝子へのオーソログを含むモデル生物のゲノムには、BBS3オーソログも含まれている可能性が高いと仮定しました。したがって、変異スクリーニングのBBS候補遺伝子に優先順位を付けるために、比較ゲノム分析を実施しました。既知のBBSタンパク質を、モデル生物の翻訳されたゲノムと比較して、これらのタンパク質が保存されている生物のサブセットを特定しました。分析に比較的小さなゲノムサイズを持つ複数の生物を含めることにより、候補遺伝子の数が減少し、BBS3間隔にマッピングするいくつかの遺伝子がこの障害の最良の候補として現れました。これらの遺伝子の1つであるADP-リボシル化因子様6(ARL6)には、BBS3遺伝子座をマッピングするために元々使用されていたベドウィン同族の疾患と完全に分離するホモ接合停止変異が含まれています。これらのデータは、ヒト疾患の研究のための比較ゲノム分析の力を示し、新規BBS遺伝子を特定します。

Bardet-Biedl症候群(BBS)は、肥満、網膜症、多発性、腎臓および心臓の奇形、学習障害、および視神経過失を特徴とする遺伝的にゼネロゼーションの多面的なヒト障害です。8つのBBS遺伝子座がマッピングされており、7つの遺伝子が特定されています。BBS3は、以前は、大規模なイスラエルのベド​​ウィン家系におけるリンケージ分析により、染色体3にマッピングされていました。BBS3遺伝子座にマッピングする他のファミリの希少性により、位置クローニングによって遺伝子を識別するのに十分な疾患の間隔を狭めることが困難になりました。既知のBBS遺伝子へのオーソログを含むモデル生物のゲノムには、BBS3オーソログも含まれている可能性が高いと仮定しました。したがって、変異スクリーニングのBBS候補遺伝子に優先順位を付けるために、比較ゲノム分析を実施しました。既知のBBSタンパク質を、モデル生物の翻訳されたゲノムと比較して、これらのタンパク質が保存されている生物のサブセットを特定しました。分析に比較的小さなゲノムサイズを持つ複数の生物を含めることにより、候補遺伝子の数が減少し、BBS3間隔にマッピングするいくつかの遺伝子がこの障害の最良の候補として現れました。これらの遺伝子の1つであるADP-リボシル化因子様6(ARL6)には、BBS3遺伝子座をマッピングするために元々使用されていたベドウィン同族の疾患と完全に分離するホモ接合停止変異が含まれています。これらのデータは、ヒト疾患の研究のための比較ゲノム分析の力を示し、新規BBS遺伝子を特定します。

Bardet-Biedl syndrome (BBS) is a genetically heterogeneous, pleiotropic human disorder characterized by obesity, retinopathy, polydactyly, renal and cardiac malformations, learning disabilities, and hypogenitalism. Eight BBS loci have been mapped, and seven genes have been identified. BBS3 was previously mapped to chromosome 3 by linkage analysis in a large Israeli Bedouin kindred. The rarity of other families mapping to the BBS3 locus has made it difficult to narrow the disease interval sufficiently to identify the gene by positional cloning. We hypothesized that the genomes of model organisms that contained the orthologues to known BBS genes would also likely contain a BBS3 orthologue. Therefore, comparative genomic analysis was performed to prioritize BBS candidate genes for mutation screening. Known BBS proteins were compared with the translated genomes of model organisms to identify a subset of organisms in which these proteins were conserved. By including multiple organisms that have relatively small genome sizes in the analysis, the number of candidate genes was reduced, and a few genes mapping to the BBS3 interval emerged as the best candidates for this disorder. One of these genes, ADP-ribosylation factor-like 6 (ARL6), contains a homozygous stop mutation that segregates completely with the disease in the Bedouin kindred originally used to map the BBS3 locus, identifying this gene as the BBS3 gene. These data illustrate the power of comparative genomic analysis for the study of human disease and identifies a novel BBS gene.

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