プロテオーム解析のための銀とsyproルビー染色の統計的比較

銀染色は、2次元ゲル電気泳動後のタンパク質の高感度染色に最も一般的に使用される方法です。この方法はナノグラム範囲での検出を提供しますが、線形性の欠如、タンパク質の非科学染色染色、質量分析技術による同定のためのタンパク質の微細化学的調製との適合性の欠如、染色エンドポイントの非常に主観的な評価など、大きな欠点があります。Sypro Rubyは、特に上記の制限を克服する際に、銀よりも利点を提供すると報告されている比較的新しいルテニウム複合体ベースの染色です。一般的に採用されているいくつかのタンパク質染色手順を比較する一連の実験について説明します。in situ消化手順の最適化を可能にするために、統計的アプローチが実施されています。テスト放射性標識タンパク質の下流処理に対するさまざまな染色、消化、および分析プロトコルの効果が研究されました。データは、銀と同様の感度を提供するとともに、Sypro Ruby染色が再現性があり、線形であり、質量分析によるタンパク質の識別との互換性が高いことを確認しています。

Silver staining has been the method most commonly employed for high sensitivity staining of proteins following two-dimensional gel electrophoresis. Whilst this method offers detection in the nanogram range it does have major drawbacks including a lack of linearity, nonstoichiometric staining of proteins, a lack of compatibility with the microchemical preparation of proteins for identification by mass spectrometric techniques, and a highly subjective assessment of the staining endpoint. SYPRO Ruby is a relatively new, ruthenium complex-based stain which is reported to offer advantages over silver, particularly in overcoming the limitations cited above. We describe a series of experiments where several protein staining procedures commonly employed are compared. To enable optimization of the in situ digestion procedure, a statistical approach has been undertaken. The effects of a variety of staining, digestion, and analysis protocols on the downstream processing of a test radiolabeled protein were studied. The data confirms that as well as offering sensitivity similar to silver, SYPRO Ruby staining is reproducible, linear, and offers a higher level of compatibility with the identification of proteins by mass spectrometry.