ワディエルナトルンソーダ湖セルラーゼ濃縮培養の系統解析とこれらの培養物からのセルラーゼ遺伝子の同定

エジプトのリビア砂漠にあるワディエルナトルンの極端な生理食塩水とアルカリ湖からの堆積物と周囲のソーダ土壌（SS）のサンプルは、2000年10月に得られました。嫌気性濃縮培養は、これらのサンプル、DNA分離、および16S RRNAジェンクレーン分析によって評価された細菌の多様性から成長しました。湖の堆積物（LS）に由来するクローンは、最も密接に一致しているクロストリジウム属、ナトロノインコラヒストディンヨボラン、ハロセラセルロラティカ、バチルス属、およびサイトファガ菌 - 骨折 - バッテルエイド群に由来します。SSで同様のクローンが同定されましたが、Bacillus spp。優勢。クローンの多くは、アルカリ性または生理食塩水環境ですでに特定されている生物と最も密接に関連していました。プールされたLS濃縮と単一のSS濃縮サンプルから2つのゲノムDNAライブラリが作成されました。新しいセルラーゼ活性がそれぞれに特定され、特徴付けられました。セルラーゼ湖ORFは、1,118アミノ酸のタンパク質をコードしました。BLASTP分析は、それがXanthomonas campestrisのエンドグルカナーゼと最も密接に関連していることを示しました。土壌セルラーゼORFは、フィブロバクターサキノゲンのエンドグルカナーゼと最も密接に関連していた634アミノ酸のタンパク質をコードしました。

Samples of sediments and surrounding soda soils (SS) from the extremely saline and alkaline lakes of the Wadi el Natrun in the Libyan Desert, Egypt, were obtained in October 2000. Anaerobic enrichment cultures were grown from these samples, DNA isolated, and the bacterial diversity assessed by 16S rRNA gene clone analysis. Clones derived from lake sediments (LS) most closely matched Clostridium spp., Natronoincola histidinovorans, Halocella cellulolytica, Bacillus spp., and the Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides group. Similar clones were identified in the SS, but Bacillus spp. predominated. Many of the clones were most closely related to organisms already identified in alkaline or saline environments. Two genomic DNA libraries were made from the pooled LS enrichments and a single SS-enrichment sample. A novel cellulase activity was identified and characterized in each. The lake cellulase ORF encoded a protein of 1,118 amino acids; BLASTP analysis showed it was most closely related to an endoglucanase from Xanthomonas campestris. The soil-cellulase ORF encoded a protein of 634 amino acids that was most closely related to an endoglucanase from Fibrobacter succinogenes.