P1関連ファージのPAC-C1領域の比較から特定された異種特異的CREホモログによるDNA組換え

4つのP1関連ファージからの7 kb IMMC領域のシーケンスにより、哺乳類細胞の組換えを含む多くのCRE様特性を示す新規DNAリコンビナーゼが特定されましたが、これは明らかに異なるDNA特異性を持っています。P1 IMMC領域とのDNA配列比較により、すべてのファージが関連するDNA末端、C1リプレッサー、DNAリコンビナーゼ遺伝子があることが示されました。Phages P7、Phi（W39）およびP15Bのこれらの遺伝子はP1の遺伝子と非常に類似していたが、ファージD6の遺伝子は有意な発散を示した。さらに、D6配列は、他のファージと比較して、この領域のDNA欠失と置換の証拠を示しました。D6部位特異的DNAリコンビナーゼ（DRE）の特性評価は、P1 CREリコンビナーゼに密接に関連するチロシンリコンビナーゼであるが、32 bp DNA部位（ROX）に対して異なるDNA特異性があることを示しました。CREとDREは異種特異的です。CREはROXサイトでの組換えを触媒せず、DREはLOX部位での組換えを触媒しませんでした。CREと同様に、DREは統合的および拡張的な組換えの両方を触媒し、組換えのために他のファージにエンコードされたタンパク質を必要としませんでした。哺乳類細胞におけるDREを介した組換えは、CREと同様に、効率的なDREを介した部位特異的DNA組換えに宿主の細菌タンパク質が不要であることを示しました。

Sequencing of the 7 kb immC region from four P1-related phages identified a novel DNA recombinase that exhibits many Cre-like characteristics, including recombination in mammalian cells, but which has a distinctly different DNA specificity. DNA sequence comparison to the P1 immC region showed that all phages had related DNA terminase, C1 repressor and DNA recombinase genes. Although these genes from phages P7, phi(w39) and p15B were highly similar to those from P1, those of phage D6 showed significant divergence. Moreover, the D6 sequence showed evidence of DNA deletion and substitution in this region relative to the other phages. Characterization of the D6 site-specific DNA recombinase (Dre) showed that it was a tyrosine recombinase closely related to the P1 Cre recombinase, but that it had a distinct DNA specificity for a 32 bp DNA site (rox). Cre and Dre are heterospecific: Cre did not catalyze recombination at rox sites and Dre did not catalyze recombination at lox sites. Like Cre, Dre catalyzed both integrative and excisive recombination and required no other phage-encoded proteins for recombination. Dre-mediated recombination in mammalian cells showed that, like Cre, no host bacterial proteins are required for efficient Dre-mediated site-specific DNA recombination.