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Physiological genomics2005Mar21Vol.21issue(1)

ダールラット染色体の血圧のための定量的特性遺伝子座の存在を証明する完全かつ重複する同族体

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文献タイプ:
  • Journal Article
  • Research Support, Non-U.S. Gov't
概要
Abstract

連鎖研究により、血圧(QTL)の定量的形質軌跡(QTL)が、ダール塩濃縮(DSS)ラットの染色体17(CHR 17)の領域に存在することが示唆されました。ただし、このQTLを標的とするその後の同性株は、それを確認できませんでした。これらの矛盾する結果は、リンケージによるQTLの局在の妥当性に疑問を投げかけ、その後、不完全な染色体カバレッジで作られたコンジェニック株の使用が続きました。この問題を解決するために、QTLを含むと思われる+/- 2 LOD信頼区間に完全に及ぶC17S.L1からC17S.L5を指定する5つの新しいコンジェニック株を構築しました。DSSラットのセグメントを正常血圧ルイス(LEW)ラットのセグメントに置き換えることにより、それぞれの相性株が作成されました。ホモ接合体である唯一のセクションは、全ゲノムスキャンで証明されるように、CHR 17の領域です。結果は、C17S.L1およびC17S.L2のBPSがDSSラットのBPSよりも低い(P <0.04)ことを示しました。対照的に、C17S.L3、C17S.L4、およびC17S.L5のBPSは、DSSラットのBPS(P> 0.6)とは異なっていませんでした(P> 0.6)。したがって、C17、C17S.L4、およびC17S.L5とは対照的に、C17S.L1とC17S.L2の間で共有された約15 cmの間隔で約15 cmの間隔に配置する必要があります。本研究では、徹底的な染色体カバレッジの重要性、ゲノム全体のスクリーニングの必要性、およびQTLの物理的マッピングにおける「ネガティブ」コントロールの使用の使用を示しています。

連鎖研究により、血圧(QTL)の定量的形質軌跡(QTL)が、ダール塩濃縮(DSS)ラットの染色体17(CHR 17)の領域に存在することが示唆されました。ただし、このQTLを標的とするその後の同性株は、それを確認できませんでした。これらの矛盾する結果は、リンケージによるQTLの局在の妥当性に疑問を投げかけ、その後、不完全な染色体カバレッジで作られたコンジェニック株の使用が続きました。この問題を解決するために、QTLを含むと思われる+/- 2 LOD信頼区間に完全に及ぶC17S.L1からC17S.L5を指定する5つの新しいコンジェニック株を構築しました。DSSラットのセグメントを正常血圧ルイス(LEW)ラットのセグメントに置き換えることにより、それぞれの相性株が作成されました。ホモ接合体である唯一のセクションは、全ゲノムスキャンで証明されるように、CHR 17の領域です。結果は、C17S.L1およびC17S.L2のBPSがDSSラットのBPSよりも低い(P <0.04)ことを示しました。対照的に、C17S.L3、C17S.L4、およびC17S.L5のBPSは、DSSラットのBPS(P> 0.6)とは異なっていませんでした(P> 0.6)。したがって、C17、C17S.L4、およびC17S.L5とは対照的に、C17S.L1とC17S.L2の間で共有された約15 cmの間隔で約15 cmの間隔に配置する必要があります。本研究では、徹底的な染色体カバレッジの重要性、ゲノム全体のスクリーニングの必要性、およびQTLの物理的マッピングにおける「ネガティブ」コントロールの使用の使用を示しています。

Linkage studies suggested that a quantitative trait locus (QTL) for blood pressure (BP) was present in a region on chromosome 17 (Chr 17) of Dahl salt-sensitive (DSS) rats. A subsequent congenic strain targeting this QTL, however, could not confirm it. These conflicting results called into question the validity of localization of a QTL by linkage followed by the use of a congenic strain made with an incomplete chromosome coverage. To resolve this issue, we constructed five new congenic strains, designated C17S.L1 to C17S.L5, that completely spanned the +/-2 LOD confidence interval supposedly containing the QTL. Each congenic strain was made by replacing a segment of the DSS rat by that of the normotensive Lewis (LEW) rat. The only section to be LL homozygous is the region on Chr 17 specified in a congenic strain, as evidenced by a total genome scan. The results showed that BPs of C17S.L1 and C17S.L2 were lower (P < 0.04) than that of DSS rats. In contrast, BPs of C17S.L3, C17S.L4, and C17S.L5 were not different (P > 0.6) from that of DSS rats. Consequently, a BP QTL must be located in an interval of approximately 15 cM shared between C17S.L1 and C17S.L2 and unique to them both, as opposed to C17S.L3, C17S.L4, and C17S.L5. The present study illustrates the importance of thorough chromosome coverage, the necessity for a genome-wide screening, and the use of "negative" controls in physically mapping a QTL by congenic strains.

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