オリゴヌクレオチドアレイによる対立遺伝子特異的発現の同時ジェノタイピング、遺伝子発現測定、および検出

オリゴヌクレオチドマイクロアレイは、ゲノムを探索するためのハイスループット方法を提供します。遺伝子発現分析のための有用性に加えて、オリゴヌクレオチド発現アレイは、ゲノムDNAのジェノタイピングを実行するためにも使用されています。ここでは、Saccharomyces cerevisiaeの2つの無関係な株の間の交差からの分離剤では、mRNAがオリゴヌクレオチド発現アレイにハイブリダイズされている場合、高品質の遺伝子型データも得られることを示します。分離因子で3％に近い誤差率と二倍体株の7％の誤差率で、ほぼ1000の多型を特定して遺伝子型を使用することができました。これは、ゲノムDNAを使用した方法に匹敵するパフォーマンスです。さらに、対立遺伝子特異的発現のために数百の遺伝子をスクリーニングすることにより、同時のジェノタイピングと遺伝子発現プロファイリングがシス調節の変動をどのように明らかにできるかを示します。この方法では、2つのS. cerevisiae株の二倍体ハイブリッドにおける1つの対立遺伝子の優先的な発現の証拠を持つ70のORFを発見しました。

Oligonucleotide microarrays provide a high-throughput method for exploring genomes. In addition to their utility for gene-expression analysis, oligonucleotide-expression arrays have also been used to perform genotyping on genomic DNA. Here, we show that in segregants from a cross between two unrelated strains of Saccharomyces cerevisiae, high-quality genotype data can also be obtained when mRNA is hybridized to an oligonucleotide-expression array. We were able to identify and genotype nearly 1000 polymorphisms at an error rate close to 3% in segregants and at an error rate of 7% in diploid strains, a performance comparable to methods using genomic DNA. In addition, we demonstrate how simultaneous genotyping and gene-expression profiling can reveal cis-regulatory variation by screening hundreds of genes for allele-specific expression. With this method, we discovered 70 ORFs with evidence for preferential expression of one allele in a diploid hybrid of two S. cerevisiae strains.