16S-23S RRNA制限プロファイリングにより、人間、動物、または食物起源のプロバイオティクス探査研究で分離されたラクトバチルスの種レベルの識別

背景：ヒトまたは動物の腸管や食品などの生態系の微生物生態学的研究中の乳酸菌およびその他の共溶化菌の正確な同定は、タンパク質や脂質プロファイリングなどの追加試験を必要とする表現型方法による困難な課題です。 結果：De Man、Rogosa、およびSharpe Medium（MRS）を使用したさまざまなプロバイオティクスの探査研究で分離された細菌は、16S-23S RRNA rNA間スペーサーのPCR増幅により、16Sおよび23S遺伝子内でアニールし、その後にアニールし、その後に続いて、種レベルでタイプ化されました。PCR産物の制限消化分析。選択した酵素のセットは、ほとんどの種のラクトバチルス属を区別し、腸球菌、連鎖球菌、ワセラ、ブドウ球菌、および大胞体種などの共挿入細菌も区別します。6 bpの特異性を持つ11の制限酵素で消化されたLactobacillusより短いスペーサーによって生成された制限パターンのインシリコ予測により、種レベルではほぼすべての分離株を区別することができましたが、亜種ではありませんでした。同じ酵素のセットを使用した3つのスペーサー（長、中、短い）の同時理論消化は、より複雑なパターンを提供し、PCR産物を精製してクローニングせずに種を区別することができました。 結論：胃腸の生態系からMRS培地に共溶解した乳酸菌分離株およびその他のいくつかの株は、制限エンドヌクレアーゼによって生成されたDNAフィンガープリントを使用して特定することができました。増幅されたリボソームDNA制限分析（ARDRA）に基づく方法論は、さまざまな調査研究でこれらの細菌を特定するためにほとんどの研究所で使用される発酵プロファイルに基づいた現在の方法論よりも簡単、高速、より正確です。

BACKGROUND: The accurate identification of Lactobacillus and other co-isolated bacteria during microbial ecological studies of ecosystems such as the human or animal intestinal tracts and food products is a hard task by phenotypic methods requiring additional tests such as protein and/or lipids profiling. RESULTS: Bacteria isolated in different probiotic prospecting studies, using de Man, Rogosa and Sharpe medium (MRS), were typed at species level by PCR amplification of 16S-23S rRNA intergenic spacers using universal primers that anneal within 16S and 23S genes, followed by restriction digestion analyses of PCR products. The set of enzymes chosen differentiates most species of Lactobacillus genus and also co-isolated bacteria such as Enterococcus, Streptococcus, Weissella, Staphylococcus, and Escherichia species. The in silico predictions of restriction patterns generated by the Lactobacillus shorter spacers digested with 11 restriction enzymes with 6 bp specificities allowed us to distinguish almost all isolates at the species level but not at the subspecies one. Simultaneous theoretical digestions of the three spacers (long, medium and short) with the same set of enzymes provided more complex patterns and allowed us to distinguish the species without purifying and cloning of PCR products. CONCLUSION: Lactobacillus isolates and several other strains of bacteria co-isolated on MRS medium from gastrointestinal ecosystem and fermented food products could be identified using DNA fingerprints generated by restriction endonucleases. The methodology based on amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) is easier, faster and more accurate than the current methodologies based on fermentation profiles, used in most laboratories for the purpose of identification of these bacteria in different prospecting studies.