ショウジョウバエにおける核遺伝子の代名詞置換とベース組成の速度

多くの種のショウジョウバエにおけるさまざまな遺伝子の代名詞（サイレント）置換の割合を比較しました。まず、特定の遺伝子でさえ、ショウジョウバエ系統によって同義の置換速度がかなり異なることがわかりました。第二に、ショウジョウバエの核遺伝子間の同義代替率の大きな変動を示しました。これらの同義代替レートは、C含有量と負の相関があり、3番目のコドン位置での含有量と積極的に相関していました。ヌクレオチド配列は、偽遺伝子とその機能的ホモログの間でも比較されました。偽遺伝子のC含有量は機能性遺伝子のC含有量よりも低く、前者の含有量は後者のC含有量よりも高かった。機能的遺伝子の同義語置換と偽遺伝子のヌクレオチド置換は、タンパク質レベルでの選択的制約から免除されるため、これらの観察はショウジョウバエ核ゲノムの変異の偏った変異パターンによって説明できます。突然変異パターンのこのようなバイアスは、各種の各核遺伝子の分子時計（局所時計）に影響を与える可能性があります。最後に、ショウジョウバエの3つの遺伝子基の代名詞置換率を取得しました。11.0 x 10（-9）、17.5 x 10（-9）および27.1 x 10（-9）/site/year。

We compared the rates of synonymous (silent) substitution among various genes in a number of species of Drosophila. First, we found that even for a particular gene, the rate of synonymous substitution varied considerably with Drosophila lineages. Second, we showed a large variation in synonymous substitution rates among nuclear genes in Drosophila. These rates of synonymous substitution were correlated negatively with C content and positively with A content at the third codon positions. Nucleotide sequences were also compared between pseudogenes and their functional homologs. The C content of the pseudogenes was lower than that of the functional genes and the A content of the former was higher than that of the latter. Because the synonymous substitution for functional genes and the nucleotide substitution for pseudogenes are exempted from any selective constraint at the protein level, these observations could be explained by a biased pattern of mutation in the Drosophila nuclear genome. Such a bias in the mutation pattern may affect the molecular clock (local clock) of each nuclear gene of each species. Finally, we obtained the average rates of synonymous substitution for three gene groups in Drosophila; 11.0 x 10(-9), 17.5 x 10(-9) and 27.1 x 10(-9)/site/year.