酵母のタンデム停止コドンの保存

背景：遺伝子内の停止コドンの後に、実際のものがほぼcognateのtRNAによって読まれた場合にバックアップとして機能する別の停止コドンが続くと長い間考えられてきました。しかし、そのような「タンデムストップコドン」の存在はとらえどころのないままです。 結果：ここでは、統計的な過剰な停止コドンが、酵母の実際の停止コドンUAAの下流の3番目のコドンで進化したことを示します。比較分析では、この場所の停止コドンはセンスコドンよりもかなり保存されていることを示しており、これらのタンデム停止コドンが選択によって維持されていることを示唆しています。タンデム停止コドンの分布に対する遺伝子およびその他の生物学的要因の発現レベルの影響を評価しました。我々の結果は、発現レベルがタンデムストップコドンの存在に影響を与える重要な要因であることを示唆しています。 結論：我々の研究は、比較的弱い選択力によって駆動される多くの意味のあるゲノム特徴の1つを表すタンデム停止コドンの存在を示しています。

BACKGROUND: It has been long thought that the stop codon in a gene is followed by another stop codon that acts as a backup if the real one is read through by a near-cognate tRNA. The existence of such 'tandem stop codons', however, remains elusive. RESULTS: Here we show that a statistical excess of stop codons has evolved at the third codon downstream of the real stop codon UAA in yeasts. Comparative analysis indicates that stop codons at this location are considerably more conserved than sense codons, suggesting that these tandem stop codons are maintained by selection. We evaluated the influence of expression levels of genes and other biological factors on the distribution of tandem stop codons. Our results suggest that expression level is an important factor influencing the presence of tandem stop codons. CONCLUSIONS: Our study demonstrates the existence of tandem stop codons, which represent one of many meaningful genomic features that are driven by relatively weak selective forces.