シロイヌナズナの概日時計と発達変異の迅速な配列マッピング

変異体表現型の原因となる遺伝子の同定である古典的な前方遺伝学は、ゲノムの機能的特性評価の重要な部分のままです。広範なゲノム配列の出現により、表現型とジェノタイピングは、MAPベースのクローニングのプロセスにおける重要な制限変数のままです。ここでは、標識ゲノムDNAをAffymetrixシロイヌナズナ（シロイヌナズナ（シロナイナ）ATH1 GENECHIPにハイブリダイズすることにより、ジェノタイピングの問題を軽減します。ジェノタイピングは、単一のアッセイで200,000を超える遺伝子座から8,000を超える単一の特徴多型を検出する規模で実施されました。この手法をバルク分析と組み合わせることにより、いくつかの高い遺伝性開発と概日時計の特性がマッピングされました。26〜100 F（2）の個体のバルクプールを使用したマッピング精度は、0.22から1.96 MBの変異の範囲でした。エチルメタンスルホン酸由来の単一塩基置換などの小さな変異のうち、アレイのカバレッジと感度、それらのような大きな削除によって制限されますこれは、高速中性子によって引き起こされる可能性があります。これを実証し、77 kbのフラビン結合、ケルチリピート、F-box 1、および7 kbのクリプトクロム2-1欠失を解決することにより、変異体DNAのATH1発現アレイへの直接ハイブリダイゼーションを介して削除されます。

Classical forward genetics, the identification of genes responsible for mutant phenotypes, remains an important part of functional characterization of the genome. With the advent of extensive genome sequence, phenotyping and genotyping remain the critical limiting variables in the process of map-based cloning. Here, we reduce the genotyping problem by hybridizing labeled genomic DNA to the Affymetrix Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) ATH1 GeneChip. Genotyping was carried out on the scale of detecting greater than 8,000 single feature polymorphisms from over 200,000 loci in a single assay. By combining this technique with bulk segregant analysis, several high heritability development and circadian clock traits were mapped. The mapping accuracy using bulk pools of 26 to 100 F(2) individuals ranged from 0.22 to 1.96 Mb of the mutations revealing mutant alleles of EARLY FLOWERING 3, EARLY FLOWERING 4, TIMING OF CAB EXPRESSION 1, and ASYMMETRIC LEAVES 1. While direct detection of small mutations, such as an ethyl-methane sulfonate derived single base substitutions, is limited by array coverage and sensitivity, large deletions such as those that can be caused by fast neutrons are easily detected. We demonstrate this by resolving two deletions, the 77-kb flavin-binding, kelch repeat, f-box 1 and the 7-kb cryptochrome2-1 deletions, via direct hybridization of mutant DNA to ATH1 expression arrays.